Писал на английском языке с включением испанизмов.
Близкий по духу магическомуреализму первый его роман «Благослови, Ультима![6]» («Bless me, Ultima», 1972; рус. пер. 2000) — самое значительное произведение прозаика — вместе с романами «Сердце Ацтлана» («Heart of Aztlan», 1976) и «Тортуга» («Tortuga», 1979) входит в трилогию о духовном мире мексиканцев.
В серии детективных романов Р. Анайя соединяет мистику, авантюрность и народные традиции.
Р. Анайя — автор романа-притчи «Халаманта» («Jalamanta», 1997) и создатель авторских версий древних сказаний мексиканоамериканцев: «Легенда о Плакальщице» («The Legend of La Llorona», 1984), «Повелитель Рассвета. Легенда о Кецалькоатле» («Lord of the Dawn: The Legend of Quetsalcoatl», 1987).
Его поездка в Китай нашла отражение в книге заметок «Чикано в Китае» («A Chicano in China», 1985).
Самая известная пьеса Р. Анайя — драма «Матачинес» («Matachines», 1992). Анайей составлена антология современной новеллистики чиканос (на испанском языке).
В 2013 году его роман «Благослови, Ультима!» («Bless me, Ultima») послужил основой для сценария художественного фильма.
