Родился 1 января 1928 года в селе Ленинабад[азерб.] Маразинского района Азербайджанской ССР (ныне село Текля Гобустанского района).
Начал трудовую деятельность в 1944 году. С 1952 — рабочий, с 1960 — бригадир пропитчиков цеха № 2 Бакинского электромашиностроительного завода имени 50-летия Комсомола Азербайджана.
Омар Агаев проявил себя на работе умелым рабочим, регулярно перевыполняющим планы. Бригада пропитчиков цеха № 2 под руководством Омара Агаева выполнила план девятой пятилетки за 2 года и 10 месяцев, пропитав и высушив 1200 двигательных пакетов вместо плановых 700 пакетов. В 1975 году бригада доложила о выполнении двух пятилетних планов за период девятой пятилетки.
Активно участвовал в общественно-политической жизни страны. Делегат XXII и XXV съездов КПСС, XXVII, XXVIII и XXX съездов КП Азербайджана. Член ЦК КП Азербайджана. Один из заседателей Верховного Суда СССР. В последние годы жизни — председатель Совета ветеранов войны и труда Сабаильского района Баку.
С 2002 года — президентский пенсионер.
Умер 1 октября 2017 года в городе Баку.
Литература
АҒАЈЕВ Өмәр Ағаҹаһангир оғлу // АСЕ / Ҹ. Б. Гулијев. — Бакы, 1976. — Т. 1. — С. 96.
Материалы 44-й Бакинской городской партийной конференции (рус.). — Баку: Азербайджанское гос. изд-во, 1981.