Журнал непрерывно издается с момента его создания в 1818 году профессором биохимии Йельского университетаБенджамином Силлиманом, который, на первых порах, сам издавал, редактировал и финансировал его[6].
С 1815 года Бенджамин Силлиман являлся членом Американской академии искусств и наук[7] и, видимо поэтому, до 1880 года издание также называли «Американский журнал науки и искусства», но его внимание всегда уделялось естественным наукам, особенно геологии и смежным предметам, хотя и в понятной большинству читателей форме. Журнал выходил на английском языке.[8].
В первые годы журнал часто называли «Журналом Силлимана», и публикации стали больше ассоциироваться с Йельским университетом из-за длительного пребывания редакции в стенах последнего (по 1853 год). Должность редактора долгое время оставалась в семье профессора Силлимана, поскольку с 1838 года ему помогал его сын Бенджамин Силлиман Младший[англ.]*. После смерти старшего Силлимана в 1864 году его сменил на посту главного редактора его зять-натуралист Джеймс Дуайт Дана[9], а затем с 1895 по 1926 год сын последнего Эдвард Солсбери Дана[англ.]*[10]. Среди помощников редактора были ботаник Эйса Грей и зоолог Луи Агассис. В журнале печатали свои статьи и российские учёные, например, Д. К. Бобылёв, в будущем один из авторов «ЭСБЕ»[11].
Нынешними редакторами «American Journal of Science» являются К. Пейдж Чемберлен (англ. C. Page Chamberlain), профессор Стэнфордского университета, и Марк Т. Брэндон (англ.Mark T. Brandon) и Ноа Дж. Планавски (англ.Noah J. Planavsky), профессора Йельского университета.
