Учился в Санкт-Петербургском университете. В 1881 году за участие революционном движении был арестован и в 1882 сослан в имение отца БатищевоСмоленской губернии[2]. В годы ссылки состоял в переписке с Л. Н. Толстым. Знаменитое письмо Толстого «О насилии (о непротивлении злу злом)»[3] было адресовано М. А. Энгельгардту[4], но не было отправлено. В 1888 году М. А. Энгельгардту разрешено вернуться в Петербург, но до 1893 года он находился под негласным надзором[5].
Надгробие М. А. Энгельгардта на Литераторских мостках
В книге «Прогресс как эволюция жестокости» Энгельгардт доказывает, что история человечества от каменного века до XV–XVI столетия нашей эры развивалась под влиянием грубой, зоологической борьбы за существование, выражавшейся в таких явлениях, как войны, рабство, деспотические общественные организации, и представляет собой эволюцию всех форм жестокости, обнаруживая нравственный регресс (с точки зрения современной морали). Кульминационным пунктом этого процесса является (приблизительно) XVI век, когда, по его мнению, происходит перелом и начинается движение в противоположном смысле, то есть в смысле осуществления справедливых отношений между людьми.
Энгельгардт уделяет большое внимание эволюции морали. Он указывает, что мораль включает в себя два элемента: интеллектуальный и эмоциональный. Первый из них — это сфера этических теорий, систем, вероучений, а второй, эмоциональный элемент является реальной силой, определяющей частные и групповые интересы и мотивирующей действия. И если в сфере моральных теорий наблюдается прогресс, то в эмоциональной сфере Энгельгардт наблюдает регресс, поскольку здесь «прогрессируют» насилие и жестокость[6].
В начале 1900-х годов М. А. Энгельгардт сотрудничает в эсеровской периодической печати, сближается с эсерами-максималистами и публикует ряд статей и брошюр с обоснованием возможности социалистической революции. В программной работе («Задачи момента», 1906) он утверждает, что в России сложились как объективные (экономические и теоретические), так и субъективные (энтузиазм масс) предпосылки для великого социального переворота[7][8].
Хотя М. А. Энгельгардт не принимал участия в практической деятельности максималистов[7], но за сотрудничество в партийной печати он в 1906 году был привлечён к суду и был вынужден скрываться в Финляндии. Осенью 1913 года ему было разрешено вернуться в Петербург, где он скончался 20 июля[1] 1915 года[9].
Тихонова А. В.Семья Энгельгардтов и её родословная // Энгельгардт А. Н. Из деревни. 12 писем. 1872—87 / подгот. изд. А. В. Тихонова. — СПб.: Наука, 1999. — С. 621—624. — 714 с. — (Литературные памятники). — ISBN 5-02-028375-4.