В 1896—1898 годах — псаломщик, в 1898—1901 — священник Епархиального ведомства.
C 1901 года — полковой священник (иерей) Русской императорской армии, 11-го Восточно-Сибирского стрелкового полка[1], где служил до 1906 года.
Участник Русско-японской войны, в частности, Тюренченского боя в Маньчжурии, где был дважды ранен, став пятым православным священником, удостоившимся награждения орденом Св. Георгия. После ранения находился на излечении в Харбине, а его жена оставалась сестрой милосердия в Порт-Артуре[2].
Санкт-Петербург, церковь Правв. Захарии и Елизаветы при лейб-гвардии Кавалергардском полку (1912—1914), протоиерей
Русская императорская армия, Кавалергардский Ея Величества Государыни Марии Федоровны полк (1914—1918), протоиерей; полковой священник, благочинный 1-й кавалерийской дивизии.
После Октябрьской революции Щербаковский служил в Одессе. Здесь в 1918 году был арестован органами Одесской ЧК и осужден. Приговор — высшая мера наказания — расстрел, приведенный в исполнение в этом же году.
Орден Святого Георгия 4-й степени (27 ноября1904 — за доблестный подвиг мужества и неустрашимости, совершенный в Тюренченском бою 18 апреля 1904 г. с японцами).
