Кандидатская диссертация «Церковь как феодальная организация в Древней Руси», научный руководитель Александр Зимин (1964). Докторская диссертация «Византийское и южнославянское правовое наследие на Руси в XI—XIII вв.» (1975). С 1992 года — профессор[4].
В 1989 году стал основателем и первым руководителем группы (центра) по истории религии и церкви в Институте истории АН СССР (ИРИ РАН)[8].
В 2005 году Паломнический центр Московского патриархата издал юбилейный сборник, посвящённый члену-корреспонденту РАН Ярославу Щапову «От Древней Руси к новой России», куда вошли статьи сорока авторов — друзей и коллег Щапова.
Ярослав Щапов долгое время проработал директором «Муниципального музея истории усадьбы Щапово» (ушёл с этой должности в 2008 году). Свою деятельность в качестве директора этого музея Щапов отметил печатными трудами: «Усадьбы Южного Подмосковья. Материалы научно-практической конференции 29—30 марта 2000 года» (Подольск, 2000 год); «Щаповская сельскохозяйственная школа — перекличка столетий» (К 100-летию её основания) — (Подольск, 2003 год); «Каталог выставки старинных и редких книг, настенных листов и экслибрисов» — Москва, 2006 год; «Село Александрово — посёлок Щапово XVII—XXI века» — (2007 год). Заботы по организационным работам в «Русской усадьбе» вместе с Ярославом Щаповым разделили его коллеги-историки, московские, подольские и местные краеведы, а также его супруга — профессор МГУ, доктор исторических наук Юлия Щапова. Администрацией Подольского района супругам был предоставлен в пожизненное пользование один из домов Щаповского музейного комплекса[10].
Супруга — археолог Юлия Леонидовна Синельникова-Щапова (23.05.1930 — 05.05.2019) — заслуженный профессор МГУ, лауреат Ломоносовской премии, доктор исторических наук, специалист в области славяно-русской археологии, истории стекла и древних производств, морфологии древностей и теории археологической науки[12][13].
Почётный гражданин Подольского района Московской области[4]
орден Русской императорской династии св. Анны 2 ст.
Научные труды
Монографии
Древнерусское государство и его международное значение / А. П. Новосельцев, В. Т. Пашуто, Л. В. Черепнин и др. — Москва : Наука, 1965. — 476 с. (в соавт.)
Княжеские уставы и церковь в Древней Руси. XI—XIV вв. / отв. ред. А. А. Зимин. — Изд. 2-е, испр. — М.: URSS : ЛЕНАНД, 2019. — 337 с. — (Академия фундаментальных исследований: АФИ : история). — ISBN 978-5-9710-4646-2
Древнерусские княжеские уставы XI—XV вв. / отв. ред. академик Л. В. Черепнин. Институт истории СССР АН СССР. — М.: Наука, 1976. — 240 с. — 10 400 экз.
Восточнославянские и южнославянские рукописные книги в собраниях Польской Народной Республики / Сост. Я. Н. Щапов. — Москва : [б. и.], 1976. — Ч. 1: Рукописи собраний Варшавы и Кракова. (№ 1-93). Ч. 1. — 161 с.
Восточнославянские и южнославянские рукописные книги в собраниях Польской Народной Республики / Сост. Я. Н. Щапов. — Москва : [б. и.], 1976. — Ч. 2: Рукописи собраний Люблина, Перемышля, Санока, Познани, Курника и Вроцлава. (№ 94-239). Ч. 2 : Приложение. — 1976. — 201 с.
Византийское и южнославянское правовое наследие на Руси в XI—XIII вв. / отв. ред. Л. В. Черепнин. Институт истории СССР АН СССР. — М.: Наука, 1978. — 291 с. — 2750 экз.
Государство и церковь Древней Руси X—XIII вв. / отв. ред. член-корреспондент АН СССР А. П. Новосельцев. Институт истории СССР АН СССР. — М.: Наука, 1989. — 232 с. — 4000 экз. — ISBN 5-02-009546-X.
State and church in early Russia / Transl. by Vic Schneierson. — New Rochelle (N.Y.) etc. : Caratzas, Cop._1993. — XII, 252 с. — ISBN 0-89241-499-5
Древнерусские письменные источники X—XIII вв. / Подгот. Я. Н. Щапов и др.; Под ред. Я. Н. Щапова. — Москва : Кругъ, 1991. — 80 с.
Мазуринская кормчая. Памятник межславянских культурных связей XIV—XVI вв. Исследование. Тексты. М., 2002 (в соавторстве).
Письменные памятники истории Древней Руси XI—XIII вв. Летописи. Повести. Хождения. Поучения. Жития. Послания. Аннотированный каталог-справочник. СПб., 2003.
Щаповская сельскохозяйственная школа — перекличка столетий. К 100-летию её основания. — Подольск: Инфосервис, 2003. — 81 с.
Очерки русской истории, источниковедения, археографии. — М. Наука, 2004. — 367 с. — ISBN 5-02-009834-5
Справочный инструментарий историка России. — М.: Наука, 2007. — 186 с. — ISBN 5-02-034012-X
Ростовские старинные кружевные сколки из собрания Щаповых = Rostov age-old lace-patterns from the collection of family Shchapov : альбом-каталог / сост. Е. В. Брюханова, Я. Н. Щапов. — Ростов Великий : [б. и.], 2009. — 253 с.
Византийская «Эклога законов» в русской письменной традиции. — СПб.: Издательство Олега Абышко, 2011. — 240 с.
Статьи
Рукописи, поступившие в 1955 г. // Записки. 1956. — Вып. 18. — С. 180—209.
«Похвала глупости» Эразма Роттердамского в русских переводах // Записки. 1958. — Вып. 20. — C. 102—117.
Смоленский устав князя Ростислава Мстиславича // Археографический ежегодник за 1962 год. — М., 1963. — С. 37-47.
Церковь в системе государственной власти древней Руси // Древнерусское государство и его международное значение. — М., 1965. — C. 279—352.
Правило о церковных людех // Археографический ежегодник за 1965. — М., 1966. — C. 72-81.
Проблемы генезиса социально-экономических формаций // Вестник АН СССР — 1966. — № 9. — С. 120—126.
Древнерусские княжеские уставы и церковь в феодальном развитии Руси в X—XIV вв. // История СССР. — 1970. — № 3. — C. 125—136.
О социально-экономических укладах в Древней Руси XI — первой половины ХII в. // Актуальные проблемы истории России эпохи феодализма. — М., 1970. — C. 85-119.
Устав князя Ярослава и вопрос об отношении к византийскому наследию на Руси в середине XI в. // Византийский временник. — М.: Наука, 1971. — Т. 31. — С. 71-78.
Большая и малая семьи на Руси в XII-ХIII вв. // Становление раннефеодальных славянских государств. — Киев, 1972. — C. 67-89.
К истории соотношения светской и церковной юрисдикции на Руси в ХII-ХIV вв. // Польша и Русь. — M., 1974. — C. 173—180.
Похвала князю Ростиславу Мстиславичу, как памятник литературы Смоленска ХII в. // Исследования по истории русской литературы XI-ХVII вв. — Л., 1974. — C. 47-60.
О функциях общины в Древней Руси // Общество и государство феодальной России. — M., 1975. — C. 13-21.
Становление древнерусской государственности и церковь // Вопросы научного атеизма. Вып. 20. Актуальные проблемы истории атеизма и религии / Редкол. А. Ф. Окулов (отв. ред.); Акад. обществ. наук ЦК КПСС. Ин-т научного атеизма. — М.: Мысль, 1976. — С. 158—169. — 327 с. — 19 200 экз.
Характер крестьянских движений на Руси XI в. // Исследования по истории и историографии феодализма: к 100-летию со дня рождения академика Б. Д. Грекова. — М.: Наука, 1982. — C. 137—146.
Академик Б. Д. Греков как историк Киевской Руси // Вестник АН СССР. 1982. — № 9. — С. 129—135.
Церковь в Древней Руси (до конца XIII в.) // Русское православие: вехи истории / науч. ред. А. И. Клибанов. — М.: Политиздат, 1989. — С. 10-70.
О моих занятиях историей России // Историки России о времени и о себе. — М., 1997. — Вып. 1. — С. 58-66.
Собрание новелл Юстиниана в 87 главах в древнерусской письменности // Древнее право. 1998. — № 1 (3). — С. 108—112.
Достоинство и титул царя на Руси до XVI век // Царь и царство в русском общественном сознании: Сб. ст. — М., 1999. — C. 7—16.
Три дня в Синайском монастыре святой Екатерины // ГЕNNАДIОС: к 70-летию академика Г. Г. Литаврина: Сб. ст. — М.: 1999. — C. 284—291.
Рецепция в современной истории трудов русских эмигрантов по истории церкви // Церковь в истории России: сборник статей. 1999. — С. 160—170.
Неизвестный московский живописец и фотограф Степан Венедиктович Щеколдин (1818? — 1886) // Памятники культуры. Новые открытия: Письменность. Искусство. Археология : ежегодник. 1999. — С. 407—419.
Русские и славянские рукописные книги в собрании Иерусалима // Богословские труды: сборник. Сб. 35: К 150-летию Русской духовной миссии в Иерусалиме (1847—1997). 1999. — С. 119—128.
О некоторых новых проблемах истории русской церкви в работах историков 1980 — 90-х годов // Церковь в истории России. Сб. 4. 2000. — С. 327—338.
Опыт работы общества «Русская усадьба» в Щапове по изучению и сохранению усадьбы // Усадьбы Южного Подмосковья: Материалы науч.-практ. конф., 29-30 марта 2000. — 2000. — C. 68 — 75.
«Суд цара Леона и Константина» как сербский памятник рецепции византийского права // Византийский временник: [сборник]. — 2003 — Т. 62 (87). — С. 249—260.
Подсолнечное (Щапово) — усадьба П. П. Щапова на озере Сенеж // Русская усадьба: сборник Общества изучения русской усадьбы — 2004 — Вып. 10 (26). — С. 435—452.
К истории городской усадьбы Щаповых в Москве // Русская усадьба: сборник Общества изучения русской усадьбы — 2006. — Вып. 12 (28). — С. 731—737.
↑В Москве простились с Я. Н. Щаповым (неопр.). Международная военно-историческая ассоциация (19 сентября 2011). Дата обращения: 15 июня 2012. Архивировано из оригинала 8 мая 2012 года.
Белякова Е. В. Я. Н. Щапов — археограф // Археографический ежегодник за 2001 год / Российская академия наук. Отделение историко-филологических наук. Археографическая комиссия, Федеральная архивная служба России; Отв. ред. С. О. Шмидт. — М., 2002. — С. 260—268.
Баловнев Д. А. Ярослав Николаевич Щапов — источниковед // Щапов Я. Н. Очерки русской истории, источниковедения, археографии. — М., 2004. — С. 335—343;
От Древней Руси к Новой России: юбилейный сборник, посвящённый члену-корреспонденту РАН Я. Н. Щапову / отв. ред. А. Н. Сахаров. — М., 2005;
Санков С. Троицкий летослов // Городской ритм, 27.02.2008
Щапов Ярослав Николаевич // Вестник архивиста. — 2011. — № 4. — С. 302—304.
Васильева О. Ю., Белякова Е. В. Я. Н. Щапов и начало нового этапа изучения истории церкви // Исторический журнал: научные исследования. 2011. — № 5. — С. 7-15.
Памяти Ярослава Николаевича Щапова (1928—2011) // Российская история. 2012. — № 1. — С. 203—205.
Васильева О. Ю. Ярослав Николаевич Щапов — основатель Центра истории религии и Церкви // Церковь в истории России : К 30-летию создания Центра истории религии и Церкви в Институте российской истории РАН, Москва, 22-23 марта 2023 года / Институт российской истории РАН. Том 14. — Москва: Институт Российской истории РАН, 2023. — С. 28-30.