Клуб был основан в 2005 году китайским тренером Сюй Гэньбао, который являлся его президентом. В 2006 году команда стартовала во Второй лиге Китая по футболу — третьем по значимости дивизионе. В 2006—2007 годах выступала в третьем дивизионе. «Шанхай Дунъя» стал третьим китайским клубом из Шанхая, который выиграл первенство третьего дивизиона в 2007 году, сезон 2008 года начал в Первой лиге. Также одержал победу в Национальных играх в качестве «команды Шанхая» в 2009 году. Перед началом сезона 2010 команда поставила задачу попасть в Суперлигу, для этого в команду были приглашены опытные иностранные игроки из Хорватии, Македонии и Гаити[2][3], которые стали первыми игроками-иностранцами в клубе. Однако, по итогам сезона команда заняла лишь 4-е место, а зимой началась перестройка команды, основу которой составили молодые футболисты. Три перспективных молодых игрока были проданы клубам Суперлиги — «Наньчан Хэнъюнь» и «Гуанчжоу Эвергранд». Кроме того, началось сотрудничество с ещё одним клубом, представляющим Шанхай — «Шанхай Зобон», часть игроков из низшей лиги получили возможность попробовать свои силы во втором дивизионе.
Стадион
Во время выступлений во второй лиге команда проводила домашние матчи на Футбольной Арене-базе Гэньбао (англ.Genbao Football Base Arena), где располагается школа для юниоров, район Чунмин, Шанхай. В 2008 году, после победы во второй лиге клуб переехал в Цзиньшаньский спортивный центр (англ.Jinshan Sports Centre), район Цзиньшань, Шанхай. С 2009 года домашним стадионом «Шанхай ДунъЯ» является Шанхайский стадион.
