В 1599 году вместе с другими Романовыми она была схвачена по обвинению в заговоре против царя Бориса Годунова и больше полугода просидела в тюрьме «на цепи и в железах», а затем была отправлена в ссылку на Белоозеро, вместе с мужем и родными, среди которых находился и малолетний Михаил Фёдорович Романов. Ссылая княгиню Черкасскую, царь Борис только следовал общепринятому в то время обычаю — наказывать вместе с преступником и близких ему лиц, и потому есть большая вероятность, что она была невиновна[4].
О страданиях её и прочих членов семейства очень красноречиво рассказывает жалованная грамота царя Михаила Фёдоровича, данная в 1624 или 1625 году боярину князю Ивану Борисовичу Черкасскому; наставления же, которые посылались от имени самого царя Бориса приставу Жеребцову, предписывают покоить и беречь княгиню «во всем, чего она похочет». Согласовать оба эти показания можно путем предположения, что при жизни князя Бориса Канбулатовича со всеми ссыльными на Белоозере обращались с такою строгостью, которая после его смерти казалась совершенно излишней. В действиях пристава Жеребцова, не дававшего вдосталь хотя бы яиц с молоком, нужно видеть не столько его собственные «воровство и хитрость», сколько отголоски прежнего режима[4].
Больше года пришлось прожить княгине Марфе Никитичне на Белоозере после смерти мужа, пока, наконец, может быть, ввиду тревожных известий о её здоровье, царь Борис указом от 5 сентября 1602 года не назначил отписанную на государя вотчину Федора Никитича Романова, в уезде Юрьева-Польского, новым местом ссылки для всех находившихся на Белоозере Романовых[4].
Обстоятельства жизни княгини Черкасской после отъезда с Белоозера совершенно неизвестны; она умерла 28 февраля (10 марта) 1610 года и погребена в Новоспасском монастыре[4].
Сборник материалов по истории предков царя Михаила Феодоровича Романова. Родословная рода Захарьиных-Юрьевых-Романовых по материалам И. П. Сахарова, проверенн. и дополн. Н. Селифонтовым, часть II, СПб., 1898, стр. 90—92.
Краткое описание ставропиг. Новоспасского монастыря... составленная иеромонахом Адрианом, Москва, 1821, стр. 60.
