В чемпионате 2013 года, как и в предыдущем, участвовали 8 клубов. По сравнению с сезоном-2012, 2 клуба покинули элиту — бишкекское «Динамо» МВД было расформировано, а «Химик» из Кара-Балты выбыл в Первую лигу.
В высший дивизион решением Федерации футбола были включены «Нефтчи» из Кочкор-Аты, пропустивший прошлый сезон, а также молодёжная команда ФЦ-96 (Бишкек).
Формула чемпионата была изменена: вместо 4-кругового турнира организовано 2 этапа — сначала 8 клубов провели 2 круга, а затем разделились на 2 группы по 4 команды и играли между собой в 2 круга за 1-4-е и 5-8-е места.
Первый этап турнира прошёл с 1 мая по 21 августа, второй этап начался 11 сентября и закончился 15 ноября 2013 года.
В ходе турнира молодёжные команды ФЦ-95 и ФЦ-96 были переименованы соответственно в «Иссык-Куль» (Иссык-Кульская область) и «Манас» (Таласская область) для того, чтобы в чемпионате формально были представлены все регионы страны. Однако оба клуба продолжили играть домашние матчи в Бишкеке.
Команды, занявшие последние места, могут выбыть или не выбыть в Первую лигу Кыргызстана в зависимости от того, расширится или сократится количество участников чемпионата в следующем сезоне; или клубы, занявшие призовые места в Первой лиге, смогут или не смогут соответствовать всем требованиям лицензирования для Топ-Лиги.
.svg){kind=small}
