Родоначальником его считается запорожец Стефан Ханенко, живший в начале XVII в. Сын его Михаил был гетманом правобережной Украины. Потомство Лаврентия и Сергия Ханенков пожалованы шляхетством, герб по привилегии короля Яна Казимира от 1661 г.
Один из внуков Стефана — Фёдор (умер 1744) был обозным полковым киевским, другой внук — Данило — наказным лубенским полковником во время похода русского войска под начальством Б. П. Шереметьева на низовья Днепра и в 1697 г. убит при осаде Кизикерменя. Данило Ханенко был женат на дочери генерального есаула Ломиковского, человека очень близкого к Мазепе. От этого брака родился Николай Ханенко — генеральный хорунжий и известный мемуарист.
Всё значительное имение Николая Ханенко перешло к младшему его сыну Ивану. Последний был адъютантом Румянцева при введении наместничеств. Умер в чине полковника. Из внуков его Михаил был почетным попечителем Новгородсеверской гимназии и большим любителем малорусской старины, преимущественно, впрочем, фамильной. Им напечатано в «Чернигов. Губ. Вед.»[укр.] 1850-х гг. несколько важных документов по истории рода Ханенко. Он находился в постоянных сношениях с О. М. Бодянским, которому доставил немало ценных материалов по истории Малороссии.
Другой внук — Александр Иванович (умер 90 лет от роду в 1895 году) — один из деятелей крестьянской реформы в Черниговской губернии, любитель и собиратель произведений искусства. Правнук — Ханенко, Богдан Иванович (1850—1917) — промышленник, меценат, издал несколько выпусков «Древностей Поднепровья», заключающих в себе снимки с предметов, найденных при раскопках на его счет.
Лаврентий Степанович Ханенко — польский шляхтич, 9 сентября 1661 года в знак военных заслуг по привилегии короля польского Яна Казимира возведён с потомством в дворянское достоинство и пожалован населёнными имениями: городом Брусилов, местечком Водоти и селом Соловьёвка, Хвастовского уезда.
Иван Николаевич Ханенко — подполковник, женат на Софии Григорьевне Горленко (1749—1812).
Иван Иванович Ханенко (21 июня 1787—1851) — штабс-ротмистр Изюмского гусарского полка, родился в местечке Городище Черкасского уезда Киевской губернии, женат на Екатерине Ивановне Третьяковой.