Флаг представлял собой прямоугольное полотнище светло-зелёного цвета, на котором вдоль древка золотистым цветом было написано арабским письмом имя эмира, а вдоль свободного края – шахада. Между надписями помещались золотые полумесяципятиконечная звезда над так называемой «рукой Фатимы» (Хамса), которая является защитным амулетом. Кайма полотнища была оранжевого цвета с орнаментом чёрного цвета. Древко было зелёным и увенчивалось полумесяцем золотистого цвета[1][2][3].
После установления советской власти на территории Бухарского Эмирата флаг эмира был упразднён, а вместо него был разработан другой флаг. 23 сентября1921 года второй Всебухарский Курултай принял и утвердил Конституцию Бухарской Народной Советской Республики, в статье 79 которой был описан флаг БНСР[1][2][5][6]:
Государственный флаг Б.Н.С.Р. состоит из двух параллелей сшитых полотнищ: верхнего – зеленого цвета и нижнего – красного, с изображением посреди их золотого серпа полумесяца, внутри которого находится золотая пятиконечная звезда. На верхнем зеленом полотнище в левом его углу у древка помещены буквы Б.Н.С.Р.
В настоящее время в музее истории и краеведения Бухары хранится бухарский флаг начала XX века: темно-зелёное полотнище с красной каймой, на котором изображена «рука Фатимы, белые полумесяц и три пятиконечные звезды[1][2][7].
