На Соборе подробно рассматривались разногласия между западной (католической) и восточными церквями. Особенный упор делался на различия в догматах, в частности, на так называемом филиокве (filioque) — добавлении, сделанном Римской церковью в Символ веры. Рассматривались и другие догматические вопросы — о чистилище, главенстве папы римского во Вселенской Церкви, совершении таинства Евхаристии.
Собор был объявлен Вселенским. Уже в начале соборных заседаний латиняне не исполнили уговора о своевременном содержании византийской делегации, так что православным приходилось закладывать и продавать свои вещи ради пропитания[3][4]. Перенос собора из Феррары дальше от границы, во Флоренцию, не был связан с чумой (которая закончилась за два месяца до этого[5]) как это было объявлено официально[5], но патриарх, император и папа хотели не допустить побега представителей православной делегации в Византию до завершения заседаний[6][7][8][9]. На внутреннем заседании византийской делегации император аргументировал переезд во Флоренцию отсутствием у папы средств и готовностью флорентийцев ему их предоставить[10].
В ходе собора большинство представителей византийской делегации, 5 месяцев не получая денег на пропитание[11][12], обещанных как условие присутствия делегации на соборе ещё в Константинополе, и под давлением императора[13][14][15][16] и патриарха[14] 5 июля 1439 года (второго индикта 6947 г.)[12], подписали орос собора («Флорентийская уния»). Среди не подписавших были: митрополит Марк Эфесский (при помощи брата императора, который был против унии)[17], митрополит Иверский Григорий из Грузии (притворился сумасшедшим)[18], митрополит Нитрийский Исаакий, митрополит Газский Софроний и епископ Ставропольский Исаия (тайно бежал из Флоренции и позднее получил защиту брата императора)[1][19]. Уния состояла в признании нововведений Римской церкви имеющими основание в св. Писании и св. Предании, то есть правомочными, но с оговоркой, что Восточные церкви, признавая правильным всё содержание вероучения Римской церкви, не станут вводить у себя латинские литургические и церковные обычаи.
Константинопольский патриарх не дожил до подписания ороса и умер через 8 дней[20] после своего письменного одобрения филиокве на внутреннем заседании византийской делегации[21].
Символ Веры ни с прибавлением ни без него в оросе собора написан не был[22]. Из-за отсутствия в оросе решений[23] по спорным вопросам, обсуждавшимся на соборе, английские послы, направляющиеся к папе, отвергли унию[22].
Греки знали, что орос подписан императором, подписали и они. Знали и латиняне, что он подписан греками и папой, подписали и они. При этом большинство даже не знало, что в нём написано. Ведь кроме немногих из латинян и греков, которые изучили орос, или тех, кто оказался рядом, когда его писали, большинство не знало о его содержании. И когда собирались подписывать, ни среди греков орос не был прочитан ни перед подписанием, ни сразу после, ни среди латинян. […] Так был составлен орос, и таким было знание епископов о его содержании, и таковы были хитрости и интриги для достижения этого. Пусть желающие решат, нужно ли считать такой орос постановлением Вселенского собора, и нужно ли таким образом совершившееся объединение принимать как истинное и безусловное единство, и противоречат ли соборному решению те, кто не принимает объединение и орос.[24]
Возвращение византийской делегации в Константинополь произошло 1 февраля третьего индикта, в понедельник масленицы[25]. Духовенство церкви святой Софии не хотело сослужить с теми, кто подписал орос собора, также и народ почти не посещал их службы[26]. За службой в кафедральном соборе Константинополя (церкви святой Софии) орос собора прочитан не был[27]. Константинопольское духовенство прекратило поминовение императора за богослужением[27], народ не хотел посещать службы тех, кто впал в латинство[28]. По прошествии трех месяцев император по необходимости пожелал, чтобы был поставлен новый патриарх[27]. Тогда митрополит Ираклийский принес собравшемуся синоду публичное покаяние за подписание ороса и вопреки многим уговорам отказался от патриаршества по причине одобрения членами синода унии[29]. Другой кандидат, митрополит Трапезундский, также отказался от патриаршества по причине многого волнения в Церкви и порицания им унии[30]. В итоге 4 мая[31] на патриарший престол был избран митрополит Кизический Митрофан, одобрявший унию[32]. Избрание происходило по жребию между митрополитами Трапезундским и Кизическим, некоторые утверждают, что на обоих жребиях было указание на митрополита Кизического[33]. Святитель Марк Эфесский и митрополит Ираклийский отказались сослужить с новым патриархом на Пятидесятницу, в этот же день они тайно покинули Константинополь[34]. 12 декабря 1452 года уния все-таки была провозглашена в Святой Софии митрополитом Исидором Киевским в присутствии императора, епископата и мирян. В то же время существовала неопределённость, является ли это провозглашение временной мерой, призванной предотвратить падение Константинополя, наступившее шесть месяцев спустя[35].
Уже через несколько лет многие присутствовавшие на Соборе епископы и митрополиты стали открыто отрицать своё согласие с Собором или утверждать, что решения Собора были вызваны подкупом и угрозами со стороны латинского духовенства. Таким образом, уния была отвергнута большинством восточных церквей.
Сильвестр Сиропул. Воспоминания о Ферраро-Флорентийском соборе (1438-1439). В 12 частях. — СПб.: Издательство Олега Абышко, Университетская книга, 2010. — 352 с. — ISBN 978-5-903525-49-2.