С 1943 гвардии капитан Фаготов командует 46-м огмд 94 ГМП.
В январе 1945 года гвардии майор Владимир Фаготов командуя 2-м дивизионом 94-го гвардейского миномётного полка 5-й ударной армии1-го Белорусского фронта, отличился во время освобождения Польши. 14 января 1945 года дивизион Фаготова принимал активное участие в боях на Магнушевском плацдарме, способствую прорыву пехотой немецкой обороны. 15 января 1945 года он переправился через Пилицу и принял активное участие в боях за освобождение большого количества польских населённых пунктов. 31 января 1945 года дивизион Фаготова успешно переправился через Одер к северу от Зеелова и захватил плацдарм на его западном берегу[1]. С марта 1945 гвардии майор Фаготов становится начальником штаба полка.
После окончания войны Фаготов продолжил службу в Советской Армии. В 1953 году он окончил Военную артиллерийскую академию имени Дзержинского. С 1961 года служил в РВСН, был начальником отдела боевой подготовки ракетных войск, затем начальником факультета Военной академии имени Ф. Дзержинского. В 1979 году в звании генерал-майора Фаготов был уволен в запас. Проживал в Москве. Умер 19 июня1996 года, похоронен на Кунцевском кладбище Москвы[1].
Герои Советского Союза: Краткий биографический словарь / Пред. ред. коллегии И. Н. Шкадов. — М.: Воениздат, 1988. — Т. 2 /Любов — Ящук/. — 863 с. — 100 000 экз. — ISBN 5-203-00536-2.