В 2007 году «Тюмень-Д», вторая команда мини-футбольного клуба «Тюмень», заняла первое место в Первой лиге, третьем дивизионе в структуре российского мини-футбола. По результатам сезона руководством клуба было принято решение о создании команды на более высоком уровне — в Высшей лиге. Данная команда была создана в Тобольске и получила название «Тобол-Тюмень-2».
Логотип Тобол-Тюмень-2
В первом же сезоне (2007—2008) «Тобол-Тюмень-2» сумел выйти в плей-офф первенства и выиграть по его итогам бронзовые медали. В сезоне 2008—2009 он вновь вышел плей-офф и на этот раз стал четвёртым.
Сезоны 2012/13 и 2015/16 оказались самыми успешными в истории клуба — команда стала чемпионом в Высшей лиге.
Стоит отметить, что в сезонах 2015/16 и 2016/17 в Высшей лиге участвовали два фарм-клуба «Тюмени»: «Ишим-Тюмень-2» и «Тюмень-Д».
В 2017 году клуб сменил название на «Тюмень-дубль»[1]. Также клуб стал базироваться в Ялуторовске.
