С начала 2000-х годов Джефф Скотт Сото тесно сотрудничал с участниками группы Queen. В 2000 году он принял участие в ежегодном мероприятии, посвященном дню рождения Фредди Меркьюри в Рединге, Великобритания, где исполнил песню Queen «Dragon Attack» вместе с Брайаном Мэем. После этого Сото принимал неоднократное участие в проекте Спайка Эдни (известен своим долговременным сотрудничеством с группой Queen) SAS Band. В 2002 году Джефф появился на сцене вместе с Брайаном Мэем и Роджером Тейлором на праздновании получения группой Queen звезды на голливудской «Аллее славы». В 2003 году Сото вместе со своей группой отыграл целый концерт, состоявший из песен Queen, на конвенции поклонников Queen. Впоследствии запись этого концерта вышла на CD и DVD. В 2012 году в качестве одного из вокалистов Сото принял участие в североамериканском турне кавер-группыQueen Extravaganza[англ.], кастингом которой занимался Роджер Тейлор.
Летом 2006 года Сото заменил Стива Оджери в концертном турне группы Journey, после того, как тот выбыл из-за острой инфекции горла. В декабре появилась информация, что Сото утверждён на место нового вокалиста[2]. В июне 2007 года было объявлено, что Сото покинул место вокалиста Journey[3].
После ухода из Journey Сото вернулся к сольной карьере, а также работе в других группах. В 2008 году вышел его сольный альбом Beautiful Mess.
Сото гастролировал с супергруппойTrans-Siberian Orchestra во время их зимних турне с 2008 по 2012 гг., а также во время весенних концертов в поддержку альбома Beethoven’s Last Night в 2009 и 2010 гг. Кроме того, он эпизодически появлялся на сцене с группой в 2013—2015 гг.
Сото являлся одним из создателей супергруппы W.E.T., в 2009 году вышел одноимённый альбом группы.
В 2012 году вышел еще один сольный альбом — Damage Control, а в 2013 — второй альбом W.E.T. — Rise Up. В январе 2013 года состоялся концерт в Стокгольме, вышедший впоследствии на DVD.
В 2015 году Сото выпустил альбом под заголовком SOTO — Inside the Vertigo. Альбом был оценен как очень тяжёлый. В его создании, помимо музыкантов группы Сото, также принимали участие Гас Джи (гитарист, известный по совместной работе с Оззи Осборном), Майк Орландо (Adrenaline Mob) и Джейсон Билер (Saigon Kick).
В том же году вышел альбом проекта «Joel Hoekstra’s 13» гитариста WhitesnakeДжоэла Хукстры под названием Dying to Live. Сото исполнил ведущий вокал в половине песен и бэк-вокал — во всех[4].
На следующий год вышел второй альбом SOTO — DIVAK. После выхода альбома группа отправилась в мировое турне.
Параллельно с работой над альбомом для Sons of Apollo Сото записал и выпустил шестой сольный альбом — Retribution, который вышел в ноябре 2017 года.[6][7]