С 1934 — научный сотрудник Отдела древнерусской литературы ИРЛИАН СССР в Ленинграде. Кандидат филологических наук (1935, диссертация «Повесть о Савве Грудцыне»). В 1954—1957 возглавлял там же сектор фольклора.
1944 — доктор филологических наук (диссертация «Опыты изучения древнерусской историко-бытовой повести»); 1945 — профессор.
«Слово о полку Игореве»: Библиография изданий, переводов и исследований, 1938—1954 / Сост. Л. А. Дмитриев. Институт русской литературы (Пушкинский дом). — М. - Л.: Изд-во АН СССР, 1955. — 90 с.
По инициативе Скрипиля и при его участии изданы книги (последняя — посмертно):
Русская повесть XVII века / Переводы повестей Ю. С. Сорокина и Т. А. Ивановой. — Л.: Государственное издательство художественной литературы, 1954. — 480 с. — 30 000 экз. (в пер.)
Русские повести XV - XVI веков / Составитель М. О. Скрипиль (†); Редактор текстов, статей и примечаний Б. А. Ларин; Оформление художника Л. С. Хижинского. — М. - Л.: Государственное издательство художественной литературы, 1958. — 488 с. (в пер.)