Заповедник расположен на восточном побережье полуострова, простираясь с севера на юг на 120 км и занимая почти треть карибского побережья Мексики. Общая площадь охраняемых территорий составляет 5 280 км². В 1994 году земли площадью более 800 км² к югу от резервата, рядом с Уаймилем, были присоединены к заповеднику.
Заповедник Сиан-Каан включает в себя тропические леса, есть мангры и болота, а также прибрежные воды Карибского моря с участком барьерного рифа. Среднегодовая норма осадков в регионе составляет 1120—1220 мм, примерно 70 % из которых выпадает в сезон с мая по октябрь. Большая часть воды просачивается через известняковые породы, из которых сложен Юкатан и песчаные почвы, водоносный слой которых местами выходит через сеноты. Большу́ю часть заповедника составляют заболоченные территории, затопляемые в сезон дождей.
В составе резервата имеются три основные зоны, где деятельность человека ограничена, и проводятся научные исследования: центральная зона Муйиля (Zonas Nucleares of Muyil), остров Кулебра (Cayo Culebras) и Уаймиль (Uaymil). Всего в границах резервата лежат 23 места археологических раскопок объектов цивилизации майя. Население территории заповедника оценивается в 2 тыс. человек, большая часть которых проживает в рыбацких населённых пунктах Пунта-Альен и Пунта-Эрреро на побережье.
Заболоченные территории служат важным местом обитания многих видов животных, также сглаживая последствия штормов. В манграх произрастает красное, чёрное и белое мангровые деревья, а также конокарпус прямостоячий. На бедных кислородом почвах прибрежных саванн, затопляемых каждый год, произрастает трава и тростник, высота которых редко превышает 3 метра.
В заповедник можно попасть из пяти точек, расположенных в населённых пунктах Пультикуб, Санта-Тереса, Чумпон, Чунйашче и Чак-Моол. Кроме природных красот туристов привлекают места археологических раскопок на месте древних городов майя, где были найдены артефакты возрастом до 2,3 тыс. лет. В самой северной части Сиан-Каана по лагунам и каналам вероятно в древности проходил торговый путь из Тулума в Муйиль. Население территорий заповедника до середины XII века производили чикл (натуральный каучук), а также занимались рыболовством.
Для рыбаков Сиан-Каана туризм является ещё одним источником дохода — на арендованных лодках туристов возят смотреть на рифы и лагуны. В 2000 году резерват посетили 36 тыс. туристов.
