В начале 1900-х годов предположительно переехал из Санкт-Петербурга в Москву, был сотрудником газеты «Новости дня». Вёл богемный образ жизни, злоупотреблял алкоголем. Находился в депрессии, вызванной каким-то тяжёлым заболеванием. Так, в 1901 году писал И. И. Ясинскому: «Я очень нездоров… Это величайшее мучение писать стихи, когда едва не кричишь от боли».
В 1892 году был издан отдельным изданием первый роман Сафонова «Немецкий прибой (Drang nach Osten)», разоблачающий планы установления немецкого порядка во всём мире.
В 1893 году редакцией журнала «Русский вестник» был издан первый сборник Сафонова «Стихотворения», удостоенный Пушкинской премии Академии наук. Рецензент журнала «Север» (вероятно, Д. А. Коропчевский) причислял Сафонова к «поэтам-музыкантам: он не дает картин, <…> а изображает доставляемое ими настроение <…> Он действует <…> общим тоном, общей музыкой стихотворения»[6]. В свою очередь литературный критик П. П. Перцов, отмечал влияние на Сафонова К. М. Фофанова, называл Сафонова поэтом «старомодного» типа[7].
В 1897 году был опубликован сборник «Утро души. Книга шаржей и парадоксов», составленный из юмористических миниатюр Сафонова, печатавшихся в периодических изданиях.
Второй сборник стихотворений Сафонова был подготовлен им в 1901 году, но издан только в 1914 году, посмертно. Во вступительной статье А. Н. Кремлёв пишет, что лирика Сафонова «проникнута глубокой неисповедимой грустью и постоянным пессимизмом: о чем бы ни заговорил поэт, даже в минуты радости и счастья у него вырываются глубоко скорбные ноты, высказывается недоверие к светлым сторонам жизни и почти уверенность в их очевидной обманчивости»[8].
В 1905 году был впервые опубликован отдельным изданием роман Сафонова «Мура».
Сафонова как автора повести «Конец Эласмоса»[9] и рассказа «Он заговорил…»[10] можно считать одним из первых русских фантастов.
Сапожков C. В. «Пятницы» К. К. Случевского (по новым материалам) // Новое литературное обозрение. — 1996. — № 18.
Сафонов Сергей Александрович // Биографический словарь «Русские писатели. 1800–1917». — Москва: Большая российская энциклопедия, 2007. — Т. 5. — С. 495–496.