В 2006—2009 годах футболист выступал за бельгийский «Гент».
В 2009 году Брайан перешёл в «Твенте», в составе которого дважды становился обладателем Суперкубка Нидерландов, а в 2011 году стал вице-чемпионом Нидерландов и обладателем Кубка Нидерландов.
31 августа 2011 года костариканец за около £10,6 млн[7] перешёл в английский «Фулхэм» и подписал с «дачниками» контракт на четыре года[8]. «Ньюкасл Юнайтед» предлагал «Твенте» £12 млн, но не смог согласовать личные условия с игроком[7]. В январе 2014 года Руис был арендован нидерландским клубом ПСВ[9][10].
В июле 2015 года стал игроком клуба «Спортинг» (Лиссабон), заключив трёхлетний контракт[11].
11 июля 2018 года на правах свободного агента перешёл в «Сантос» и подписал контракт на два с половиной года[12]. Он сыграл 12 матчей до конца чемпионата Бразилии. В январе 2019 года Руис попросил клуб расторгнуть контрактные обязательства[13], но вскоре изменил своё решение. Однако коста-риканский полузащитник не вписывался в планы Хорхе Сампаоли, поэтому Руис не был заявлен ни на один из турниров «Сантоса» в сезоне. Игрок не успел заключить контракт ни с одним из клубов, которые им заинтересовались, поэтому остался в системе «Сантоса». До середины 2019 года он продолжит тренироваться с «Сантосом», а затем сможет перейти в другую команду[14].
Был включён в состав сборной Коста-Рики на Золотой кубок КОНКАКАФ 2019[16]. В четвертьфинале против сборной Мексики забил гол на 52-й минуте матча, а в итоге его сборная уступила в серии послематчевых пенальти и покинула турнир.