Первым европейцем, исследовавшим эту местность, стал в 1557 году испанский путешественник Хуан Фернандес Ладрильеро, искавший Магелланов пролив. Суровые, холодные берега, населённые чрезвычайно воинственными туземцами, не привлекли внимание испанцев как цель для колонизации, и на протяжении следующих почти трёх столетий никаких упоминаний о посещении этих мест белыми не встречается в исторических хрониках.
В 1830 году район посетила британская гидрографическая экспедиция под командованием Филипа Паркера Кинга на тогда ещё не знаменитом бриг-шлюпе Бигль.
Начиная с 1870-х годов интерес к региону возрастает, что объяснялось как соперничеством Чили и Аргентины за Патагонию, так и постепенно зарождающимся Патагонским овечьим бумом, привлёкшим в регион множество новых иммигрантов, преимущественно из Западной Европы и с Балкан. Основным занятием местных жителей было овцеводство.
Известная английская писательница и путешественница Флоренс Дикси (анг. Florence Dixie) побывала здесь в 1879 году, выпустив на следующий год книгу «Через Патагонию» (анг. Across Patagonia), в которой описала быт и нравы местных жителей.
Овцеводческий бум и рост численности населения требовали строительства порта для вывоза продукции, и в мае 1911 года правительство Чили приняло решение об основании Пуэрто-Наталеса.
Вскоре после основания города в его окрестностях были сооружены два больших мясоперерабатывающих завода, входивших на 1915 год в десятку крупнейших в мире. Один из них, Puerto Bories, сохранился до наших дней, хотя и не используется по назначению с 1970 года[2]. В 2010 году он был перестроен в гостиницу The Singular Patagonia.
Падение цен на шерсть и мясо в середине XX века нанесло сильный удар по городской экономике. Многие фермы и предприятия закрылись, численность горожан сократилась вдвое. Многие из оставшихся нашли работу на близлежащих угольных копяхРио-Турбио в соседней Аргентине. Новый подъём Пуэрто-Наталеса произошёл только в 1990-х и связан с туристическим бумом в Патагонии.
Климат в городе прохладный морской, но, при этом, довольно сухой благодаря эффекту дождевой тени от близлежащих гор — в год Пуэрто-Наталес получает менее 300 миллиметров осадков, хотя в радиусе 20 километров от него есть места, где в год выпадает 1 500 — 2 000 миллиметров осадков. Часты сильные ветры.
Пуэрто-Наталес — столица провинции Ультима-Эсперанса, одной из четырёх провинций, которые составляют Магальянес-и-ла-Антарктика-Чилена, самую южную область Чили. Несмотря на суровый климат, население города устойчиво растёт с начала 1990-х:
1992 — 15 102 человека;
2002 — 16 978 человек;
2012 — 18 505 человек.
Подавляющее большинство горожан относятся к белым и являются потомками (в порядке убывания) немецких, английских и хорватских переселенцев.
Экономика и транспорт
Основой городской экономики в последние два десятилетия является туризм. Пуэрто-Наталес является удобным исходным пунктом при организации путешествий в национальные парки Торрес-дель-Пайне и Бернардо О’Хиггинс, а также на Огненную Землю и в Патагонию. Также важную роль играют овцеводство и рыболовство.
Паромная линия компании Navimag связывает город с Пуэрто-Монтом. Небольшой муниципальный аэропорт (IATA: PNT, ICAO: SCNT) в туристический сезон обслуживает рейсы на Сантьяго, Пунта-Аренас и Эль-Калафате. Город связан автомобильными дорогами с Пунта-Аренасом и аргентинской провинцией Санта-Крус.