По итогам первенства две лучшие команды напрямую попадут в Чемпионат России по футболу; команды, занявшие третье и четвёртое места проведут стыковые матчи с 13-й и 14-й командами Премьер-лиги за право повышения в классе; на понижение, ввиду изменений количественного состава участников турнира, отправятся лишь две команды.
Другие изменения
Выход из состава ФНЛ «КАМАЗа» и «Нижнего Новгорода»
Перед началом сезона 2012/13 «КАМАЗ» отказался от права играть в ФНЛ из-за финансовых проблем[2][3]. Также финансовые трудности были у «Нижнего Новгорода», согласно официальному интервью властей поволжского региона, было достигнуто соглашение о слиянии клуба с клубом «Волга», с сохранением названия последнего[4].
«КАМАЗ» сезон 2012/13 начал во Втором дивизионе[5]. «Нижний Новгород» фактически был расформирован.
Лишение «Динамо» (Брянск) профессиональной лицензии и включение «Уфы»
После отказа от участия в ФНЛ «КАМАЗа» количество команд стало 19, при этом лицензии у «Нижнего Новгорода» и «Динамо» имелись, но действовали до 20 июня. 7 июня на заседании Общего собрания ФНЛ было принято решение о том, что в случае нечётного числа участников, с учётом получения или неполучения лицензии этими командами, вакантное место займёт получившая лицензию и соответствующая всем требованиям «Уфа» (занявшая 2-е место в зоне «Урал-Поволжье» Второго дивизиона 2011/12)[6]. Апелляционным комитетом по вопросам лицензирования футбольных клубов в соответствии с Руководством РФС о лицензировании футбольных клубов на очередной спортивный сезон лицензия «Динамо» была продлена до 27 июня включительно, а лицензия «Нижнего Новгорода» не подтверждена, таким образом в первенстве должны были принять участие 18 команд[7][8]. 21 июня была проведена жеребьёвка календаря[9][10].
Однако 28 июня Апелляционный комитет уведомил ФНЛ об отзыве лицензии «Динамо» (в соответствии с этим клуб лишился права выступить даже во Втором дивизионе; причина отзыва лицензии — финансовая ситуация и долги клуба)[11][12], и на внеочередном заседании Общего собрания Футбольной национальной лиги[13] было принято решение о включении «Уфы» в состав участников Первенства ФНЛ и об исключении из состава ФНЛ брянского «Динамо»[14].
По мнению футболистов и руководства брянского клуба, в «Динамо» есть проблемы, но не такие серьёзные, чтобы лишать команду места в ФНЛ. Футболисты «бело-голубых» направили открытое письмо министру спорта Виталию Мутко, и. о. главы РФСНиките Симоняну и президенту ФНЛ Игорю Ефремову, назвав по их мнению истинную причину снятия команды — её место в ФНЛ купил ФК «Уфа», но фактов этого нет. Косвенно причину лишения динамовцев лицензии озвучил в интервью «Советскому спорту» оставшийся в клубе генеральный директор Евгений Давыденко.
То, что нас просили сделать до 27-го, мы сделали. Тогда начали придумывать другие моменты, по которым можно не пройти. Написали, что клуб живёт за счет займов. И что? Кого это волнует? Наше дело, как нам жить. Со всеми долгами по линии РФС мы рассчитались. Потихоньку начали рассчитываться с футболистами. Так что не могли и подумать, что лицензию отзовут.
Первенство ФНЛ в летнее межсезонье лишилось третьей команды[12].
Отказ «Торпедо» Владимир от участия в первом и втором дивизионах
5 июля 2012 года директор департамента спорта и туризма Владимирской области Леонид Борисенко заявил, что местное «Торпедо» лишилось поддержки спонсоров и отказывается от участия в первом и втором дивизионах. Об этом Борисенко сообщил на специальном брифинге.
Команда, по сути, разъезжается. Но премии будут выплачены максимум через два месяца, любыми способами.
Долг клуба перед футболистами и тренерами составил 50 миллионов рублей[15].
Таким образом, количество участников сократилось до 17, а количество выбывающих из ФНЛ команд по итогам сезона — до двух[16] (при 18 командах число вылетающих команд равнялось бы трём[17]). Оснований для заполнения образовавшейся вакансии (до чётного числа участников) не было, так как ни у одного из клубов не было соответствующей лицензии[18].
Команды, которые вступили в первенство ФНЛ после второго дивизиона обозначены зелёной стрелкой ().
Команды, которые вступили в первенство ФНЛ после вылета из премьер-лиги обозначены красной стрелкой ().
Первенство ФНЛ сезона 2012/2013 стартовало 9 июля — в день траура по жертвам наводнения в Краснодарском крае и ДТП с российскими паломниками на Украине[19]. Турнир взял старт в Красноярске матчем «Енисей» — «Шинник»[20]. Первое предупреждение в середине первого тайма получил игрок «Шинника» Константин Дудченко. Первый гол сезона в концовке первого тайма забил капитан «Енисея» Сергей Пятикопов с пенальти. Он же оформил первый дубль в сезоне. Матч завершился победой хозяев со счетом 2:1[21]. Первая ничья первенства была зафиксирована в Астрахани, в матче «Волгарь» — «Химки» (1:1)[22]. Здесь же была показана и первая в первенстве красная карточка. За грубую игру в концовке встречи с поля был удалён игрок «Химок» Алексей Померко[23]. Первой победы на выезде добилась «Сибирь», переиграв в Белгороде местный «Салют» 2:1[24]. По итогам первых трёх туров ни одной из команд не удалось показать стопроцентного результата в турнирной таблице. Это стало ясно после того как «Спартак-Нальчик» уступил на своём поле «Нефтехимику» 1:3[25]. 2 августа 2012 года после поражения в матче 4-го тура против «Томи» Александр Тарханов подал в отставку и покинул пост главного тренера «Химок»[26]. На следующий день было объявлено, что подмосковный клуб возглавил Омари Тетрадзе[27]. 13 августа в матче шестого тура с «Металлургом-Кузбассом» «СКА-Энергия» потерпела первое поражение в сезоне. После этого матча в турнирной таблице не осталось команд с нулем в графе поражений[28]. 14 августа после ничейного результата в матче шестого тура с астраханским «Волгарём» (1:1) от занимаемой должности был временно отстранён главный тренер «Шинника» Юрий Газзаев. Исполняющим обязанности главного тренера был назначен Галимджан Хайрулин[29]. В дальнейшем Газзаев был восстановлен в должности главного тренера команды. По итогам первой половины дистанции первое и второе места занимали томская «Томь» и екатеринбургский «Урал», места позволяющие участвовать в стыковых матчах за право выхода в Премьер-лигу занимали «СКА-Энергия» и «Спартак-Нальчик», отставая от лидера первенства на шесть и девять очков соответственно. В зоне вылета находились новокузнецкий «Металлург-Кузбасс» и подмосковные «Химки»[30].
За два тура до окончания турнира вторую путёвку в Премьер-лигу завоевала «Томь», обыгравшая на своём поле астраханский «Волгарь», который потерял шансы на сохранение прописки в ФНЛ[54].
20 мая 2013 года после ничьей с белгородским «Салютом» 1:1[57] «Томь» лишилась шансов догнать «Урал» в турнирной таблице первенства. Екатеринбуржцы за тур до окончания сезона гарантировали себе победу в турнире. Таким образом, футболисты «Урала» оформили так называемый «золотой дубль», завоевав Кубок, а также выиграв первенство ФНЛ.
«Дело Шоты Григалашвили»
28 мая, уже по окончании турнира, появилось сообщение, что полузащитник «СКА-Энергии» Шота Григалашвили в течение одного сезона-2012/13 сыграл за три клуба, что не соответствует установленным правилам ФИФА по статусу и трансферам футболистов. В июле — августе 2012 Григалашвили выступал в пяти матчах за грузинскую «Дилу» в отборочных матчах Лиги Европы, в сентябре — ноябре провёл за «Аланию» 9 матчей в чемпионате России, в марте — мае 2013 провёл 8 матчей за «СКА-Энергию». В случае, если хабаровскому клубу были бы засчитаны поражения в матчах, где Григалашвили выходил на поле, в стыковые матчи попадала «Балтика», а «Химки» получали три очка, обходили «Металлург-Кузбасс» и сохраняли место в первом дивизионе[58][59].
29 мая ФНЛ выступила с разъяснением, что клуб «СКА-Энергия» не нарушал регламентов ФНЛ, РФС и ФИФА, следовательно, результаты первенства пересмотрены не были[60].
Второй розыгрыш Кубка ФНЛ прошёл с 9 по 19 февраля 2013 года на Кипре[69]. Участниками кубка стали восемь лучших команд по итогам первого круга первенства ФНЛ 2012/2013 годов, которые были разбиты на две группы по четыре команды в каждой. По окончании группового турнира команды провели ряд стыковых матчей, в которых и были определены победитель и призёры турнира. Обладателем кубка второй год подряд стал екатеринбургский «Урал».
Матч за 7-е место: Нефтехимик (Нижнекамск) 2:1 Сибирь (Новосибирск);
Матч за 5-е место:СКА-Энергия (Хабаровск) 0:1 Ротор (Волгоград);
Матч за 3-е место: Балтика (Калининград) 2:1 Спартак (Нальчик);
↑«Химки» возглавил Омари Тетрадзе (неопр.). Официальный сайт ФК «Химки» (3 августа 2012). Дата обращения: 24 августа 2012. Архивировано из оригинала 29 августа 2014 года.
↑Информационное сообщение (неопр.). Официальный сайт ФК «Шинник» (14 августа 2012). Дата обращения: 24 августа 2012. Архивировано 25 августа 2012 года.
↑Тетрадзе покидает «Химки» (неопр.). Официальный сайт ФК «Химки» (25 октября 2012). Дата обращения: 13 ноября 2012. Архивировано из оригинала 2 ноября 2012 года.