Исток Пахры находится в 3,8 км северо-западнее станции Бекасово-1 Киевского направления и Большого кольца Московской железной дороги, в болотах Наро-Фоминского района[5]. Река впадает в Москву-реку рядом с посёлком МячковоРаменского района[4]. Ширина поймы — 100—200 метров, русла в среднем течении 15—20 метров, в низовьях — 30—40 метров[6].
Русло реки извилистое. По характеру водного режима Пахра относится к волжскому типу, основным источником питания являются снеговые воды. Летом и осенью реку питают дождевые и подземные воды, зимой — родники[7]. Половодье начинается с конца марта, заканчивается в начале мая. Подъём воды в реке достигает 6 метров. Пахра замерзает в ноябре — декабре, оттаивает в конце марта — апреля[8]. Среднегодовой расход воды в 36 км от устья — 9,95 м³/с, что соответствует объёму стока 0,314 км³/год[5].
В писцовой книге XVI века упоминается под названием Похра, Пехра, в Книге Большому чертежу, 1627 года, и в материалах Генерального межевания XVIII века записана как Пахра. Точное происхождение названия неизвестно[12]. По одной версии название Пахра возводят к финно-угорскому корню «-яхр-, ягр-, -ахр-», что означает «озеро» и по этой версии слово пахра можно перевести как «текущая из озера»[13][14]. Также, схожее по названию река Пехорка (Пехра), вероятно имеет финно-угорское происхождение, на это указывала Руфь Агеева[12]. По мнению О. Н. Трубачёва и Е. С. Отина, исходной формой гидронимов Пахра и Пехорка является Пьх-ъра, которая происходит от славянского корня пьх- «толкать, пихать» и суффикса -р-[15][16].
↑Ресурсы поверхностных вод СССР: Гидрологическая изученность. Т. 10. Верхне-Волжский район / под ред. В. П. Шабан. — Л.: Гидрометеоиздат, 1966. — 528 с.
↑ 12Вагнер Б. Б. Реки и озёра Подмосковья (рус.). — М.: Вече, 2007. — С. 280—282. — 480 с. — (Исторический путеводитель). — 3000 экз. — ISBN 978-5-9533-1885-3.
↑ 12Михайлова Н. М.Пахра(рус.). — статья из научно-популярной энциклопедии «Вода России». Дата обращения: 30 октября 2017.
↑Пахра(рус.). Московская Застава (2017). Дата обращения: 25 октября 2017. Архивировано из оригинала 1 марта 2002 года.
↑Вагнер Б. Б., Клевкова И. В. Реки Московского региона. Учебно-справочное пособие по курсу «География и экология Московского региона» (рус.). — М.: МГПУ, 2003. — С. 9. — 244 с.
↑Вагнер Б. Б., Клевкова И. В. Реки Московского региона. Учебно-справочное пособие по курсу «География и экология Московского региона» (рус.). — М.: МГПУ, 2003. — С. 11. — 244 с.
↑Река Пахра(рус.). Путеводитель по Москве и Московской области. (27 октября 2010). Дата обращения: 27 октября 2017. Архивировано 18 октября 2017 года.
↑Вагнер Б. Б. Карта рассказывает: Природа и история, имена и судьбы в географических названиях Подмосковья. Топонимический-краеведческий словарь (рус.). — М.: Книга по Требованию, 2014. — С. 437. — 764 с. — ISBN 9785519026338.