С 1996 года работал в издательском доме «Коммерсантъ» (журналы «Столица» и «Автопилот», позднее, вплоть до октября 2006 года — специальный корреспондент).
В 1997 году снялся в клипе на песню «Трасса Е-95» известной рок-группы «Алиса», в котором исполнил роль ангела.
В 2005 году опубликовал сборник рассказов и эссе «Незаметная вещь», а в следующем году увидела свет его книга «Михаил Ходорковский. Узник тишины», посвящённая бывшему главе российской нефтяной компании ЮКОС.
В 2006—2007 годах непродолжительное время был шеф-редактором журнала Gala.
В августе 2007 года состоялся инцидент с милицией, которая «подозревала Панюшкина в экстремизме»[3].
Работал в российском журнале «The New Times», газете «Ведомости» и журнале «Сноб». Вёл собственную передачу на канале «Дождь». В 2016—2018 годах занимал пост главного редактора информационного портала и краудфандинговой платформы «Такие дела».
Награды
Премия Правительства Российской Федерации в области средств массовой информации (13 декабря 2017 года) — за создание нового формата информационного портала по поддержке и развитию благотворительности в России[4].