Большая часть — низменная холмистая равнина, сложенная преимущественно вулканическими породами[3]. На склоне, обращённом к Карибскому морю — вечнозелёные тропические леса, на обращенном к Панамскому заливу — саванны[3]. Панамский перешеек образовался в плиоцене, около трёх миллионов лет назад. После его образования произошло взаимопроникновение фауны и флоры обоих материков, существенно изменившее прежнее положение.
В наиболее узкой части перешейка между 1906 и 1914 годами сооружён Панамский канал длиной 81,6 км, который используется для судоходства между Атлантическим и Тихим океанами. Канал сокращает время морского пути от восточного до западного побережья США больше, чем в два раза.
Formation of the Isthmus of Panama(англ.). advances.sciencemag.org. Дата обращения: 25 января 2020. Архивировано 3 января 2020 года. Science Advances Vol 2, No. 8, 03 August 2016 (англ.)