С января по март 1995 года принимал участие в боевых действиях Первой чеченской войны. Командовал оперативной группой Береговых войск Северного флота.
С 11 сентября 1999 по 6 марта 2000 года принимал участие в боевых действиях Второй чеченской войны в составе группировки федеральных сил «Восточная» по ликвидации бандитских формирований в Чеченской Республике. Исполнял обязанности командующего группировкой морской пехоты ВМФ России на Северном Кавказе.
Всеми уважительно и с любовью звался «Дед».
В ночь на 6 марта 2000 года скоропостижно скончался от острой сердечной недостаточности на командном пункте десантно-штурмового батальона близ чеченского селения Ведено. Авторы книги «Шаг в бессмертие»[2] связывают смерть А. И. Отраковского с его сильнейшими переживаниями по поводу того, что командование не разрешало его подразделению прийти на помощь десантникам 6-й роты во время боя у высоты 776.
Похоронен 10 марта 2000 года в Североморске, на аллее Героев[3].