Клуб был сформирован в 2014 году как фарм-клуб киевской «Оболони-Бровар», которая сама за год до этого была создана на базе расформированной «Оболони» (осенью 2012 года из-за конфликта руководителей и почетного президента клуба Александра Слободяна прекратилось финансирование команды, что повлекло за собой её банкротство). Возглавил новосозданную команду, которая выступала в чемпионате Киевской областиВалерий Иващенко[укр.].
В июне 2019 года впервые в своей истории, начала готовиться к премьерному сезону во Второй лиге чемпионата Украины и будет представлять город киевской области: Буча. Команда создана на базе ФК «Оболонь-Бровар U-19» (которая на протяжении двух лет выступала в ДЮФЛ Украины), а управлять ею доверили Олегу Мазуренко[1], который в период 2016—2017 годов возглавлял первую команду. В зимнее межсезонье Олег Николаевич возглавил первую команду и руководство резерва перешло уже в руки Александра Антоненко.
В августе 2020 года команда была переименована в «Оболонь-2», синхронной с главной командой клуба.
