В 2007 году Федерико покинул «Альмагро» и сезон провёл в «Уракане». В следующем сезоне он перешёл в «Банфилд», но не смог заиграть и был возвращён в «Уракан» на правах аренды.
Летом 2009 года Ньето подписал соглашение с «Колоном». 24 августа в матче против «Велес Сарсфилд» он дебютировал за новую команду[3]. 29 августа в поединке против «Расинга» из Авельянеды Федерико забил свой первый гол за «Колон»[4]. Забив за команду 13 мячей в 31 матче он стал лучшим бомбардиром клуба по итогам сезона.
В 2010 году Федерико перешёл в бразильский «Атлетико Паранаэнсе». 8 августа в матче против «Сан-Паулу» он дебютировал в бразильской Серии А[5]. 5 ноября в поединке против «Палмейраса» Ньето забил свой первый гол за «Атлетико»[6]. Забив всего 5 мячей за сезон руководство бразильской команды решило не продлевать соглашение и Федерико покинул Бразилию.
В начале 2013 года Ньето перешёл в эквадорский «Депортиво Кито». 26 января в матче против ЛДУ Лоха он дебютировал в эквадорской Серии А[7]. В этом же поединке Федерико забил свой первый гол за новую команду. 26 июня в матче против «Депортиво Кеведо» Ньето сделал хет-трик[8]. По итогам сезона он стал лучшим бомбардиром чемпионата Эквадора.
В начале 2014 года трансфер нападающего выкупила «Барселона» из Гуаякили. 26 января в матче против «Ольмедо» он дебютировал за новую команду[9]. 30 января в поединке против «Манта» Федерико забил свой первый гол за клуб из Гуаякиль[10].
Летом 2015 года Ньето присоединился к «Униеврсидад Католика» из Кито. 10 июля в матче против «Эмелека» он дебютировал за новую команду[11]. 24 августа в поединке против «Эмелека» Федерико забил свой первый гол за «Универсидад Католика»[12]. Летом 2016 года его контракт истёк и Ньето на правах свободного агента вернулся на родину, подписав соглашение с «Бока Унидос». 27 августа в матче против «Олл Бойз» он дебютировал за новую команду[13]. 4 сентября в поединке против «Феррокарриль Оэсте» Федерико забил свой первый гол за «Бока Унидос»[14].
