В 1940 году Вениамин Нестеров поступил в Московский архитектурный институт (МАРХИ), но вскоре учёбу прервала Великая Отечественная война. Бывший студент стал гвардейским миномётчиком, проходил службу в Забайкалье, учился на командира. С 1944 года воевал на 1-м Украинском фронте, был начальником разведки дивизиона одного из соединений. С боями прошёл Польшу и Германию, за что был награждён орденом Отечественной войны I степени, орденами ПНР и медалями[1].
В 1946 году вернулся на второй курс МАРХИ[1]. В 1948 году вступил в КПСС. В 1952 году окончил МАРХИ, защитив дипломный проект на тему «Музей Москвы» (руководитель Б. С. Мезенцев)[1].
Затем В. А. Нестеров был главным архитектором Сокольнического и Куйбышевского районов. В 1962 году он возглавил архитектурно-планировочную мастерскую № 8 Моспроекта-1[1]. В 1975 году стал заместителем начальника Главного архитектурно-планировочного управления[3].
Член КПСС с 1948 года. В 1960 году был избран секретарём парткома Моспроекта[1]. В 1965 году был избран председателем правления Московской организации Союза архитекторов[4][5]. Член секретариата Союза архитекторов СССР[1].