Университет был основан в 1975 году как Национальный медицинский колледж Ян-Мин для подготовки первоклассных медицинских специалистов и учёных-биомедиков. В 1994 году Министерством образования предоставило статус Национального университета Ян-Мин и он стал первым университетом на Тайване, занимающимся биомедицинским образованием и исследованиями. Наряду со своей первоначальной миссией университет был посвящён биомедицинским исследованиям и развитию межвузовского и международного сотрудничества.
За 30 лет с момента основания NYMU пережил устойчивый рост. К концу 2005 учебного года NYMU стал университетом среднего размера с 5 школами — медицины, стоматологии, медицинских технологий и биомедицинской инженерии, наук о жизни и сестринского дела, а также центром общего образования. Кроме того, Тайбэйская больница общего профиля для ветеранов[англ.] служила учебным госпиталем для студентов-медиков и парамедиков. NYMU также создал 15 исследовательских центров с широким спектром направлений, включая геномную медицину, исследования мозга, когнитивную нейробиологию, иммунологию, клеточную и молекулярную биологию, биомедицинскую инженерию, медицинскую визуализацию, биофотонику, биоинформатику, информатику здравоохранения, СПИД, общественную медицину и общественное сестринское дело.
В университете было 7 кафедр и 28 институтов последипломного образования, которые объединены в 6 школ: биомедицинские науки и инженерия, стоматология, гуманитарные и социальные науки, науки о жизни, медицина и уход. В 2007 году в NYMU поступило 1836 студентов бакалавриата и 2297 аспирантов[11].
Международные программы
NYMU участвовал в программе молекулярной медицины и программе биоинформатики Тайваньской международной программы для выпускников Академии Синика[англ.], важного академического исследовательского учреждения Тайваня.