В эти годы увлечен Брамсом, Шуманом, Бахом, Бетховеном, в особенности Вагнером. Пишет собственные музыкальные сочинения, испытывая ужасные мучения от невозможности выбрать между наукой и музыкой. В конце концов обратился за советом к И. Брамсу (1875), чей ответ его «порядочно расстроил». Наряду с музыкой увлекается математикой.
Философское образование получил в Страсбурге у Эрнста Лааса, философа-позитивиста и автора работы «Кантовские аналогии опыта» (1876), в те же годы открыл для себя неокантианскую философию Ланге и Когена.
Кантовское понятие «вещи в себе» трактуется у Наторпа лишь в качестве «предельного понятия», побудительного начала научного познания.
Классическим примером научного знания Наторп считает математический анализ, усматривая в истории математики и естествознания тенденцию к вытеснению всех специальных объектов исследования конструкциями чистой мысли.
Natorp P. Allegemeine Psychologie nach kritischer Methode. 1. Buch: Objekt und Methode der Psychologie. Tübingen, 1912. — 352 S.
Natorp P.Fjedor Dostojewskis Bedeutung für die gegenwärtige Kulturkrisis: Mit einem Anhang zur geistigen Krisis der Gegenwart. Jena, 1923. — 41 S.
Natorp P.Hermann Cohen als Mensch, Lehrer und Forscher. Marburg, 1918. — 30 S. — (Marburger Akademische Reden, Nr. 39).
Natorp P. Die logischen Grundlagen der exakten Wissenschaften. Leipzig — Berlin, 1910. — XX, 416 S.
Natorp P. Philosophie, ihr Problem und ihre Probleme. Einführung in den kritischen Idealismus. Göttingen, 1911. — 172 S. — (Wege zur Philosophie; 1).
Natorp P. Philosophische Propädeutik (Allgemeine Einleitung in die Philosophie und Anfangsgründe der Logik, Ethik und Psychologie). 2. Aufl. Marburg, 1905.
Natorp P. Philosophische Systematik. Aus dem Nachlass hrsg. von H. Natorp. Mit der Gedankrede zum 100 Geburtstag von H.-G. Gadamer sowie mit Einl. und textkritischen Anwerk. von H. Knittermeyer. Hamburg, 1958. — XL, 420 S.
Natorp P.Platos Ideenlehre: Eine Einführung in den Idealismus. Hamburg, 2004. — 572 S. Перевод на англ.: Natorp P. Plato’s Theory of Ideas. An Introduction to Idealism / Edited with an introd. by V. Politis. 1st english transl. by V. Politis and J. Connolly. 2004. — (International Plato Studies; 18).
Natorp P. Recht und Sittlichkeit. Ein Beitrag zur kategorialen Begründung der praktischen Philosophie. Mit besonderem Bezug auf Hermann Cohens «Ethik des reinen Willens» und Rudolf Stammlers «Theorie der Rechtswissenschaft» // Kant-Studien. 1913. Bd. XVIII. H. 1-2. S. 1-79.
Natorp P. Religion innerhalb der Grenzen der Humanität. Ein Kapitel zur Grundlegung der Sozialpädagogik. 2-te durchgesehene und um ein Nachwort vermehrte Aufl. Tübingen, 1908. — VII, 126 S.
Natorp P. Sozialpädagogik. Theorie der Willenserziehung auf der Grundlage der Gemeinschaft. Stuttgart, 1899. — VIII, 352 S.
Natorp P. Gesammelte Abhandlungen zur Sozialpädagogik. Abt. 1. Historisches. Stuttgart, 1907. — VIII, 510 S.
Natorp P. Selbstdarstellung // Die deutsche Philosophie der Gegenwart in Selbstdarstellungen. Hrsg. von P. Schmidt. 2. Aufl. Bd. 1. Leipzig, 1923. S. 161—190.
Natorp P. Sozialidealismus. Neue Richtlinien sozialer Erziehung. Berlin, 1920.
Natorp P. Individuum und Gemeinschaft. Jena, 1921.
Natorp P. Über objektive und subjektive Begründung der Erkenntniss // Philosophische Monatshefte. 1887. Bd. XXIII. S. 257—286.
Natorp P. Zum Gedächtnis Kants. Sonderdruck aus «Deutsche Schule. 1904. H. II». — Leipzig, 1904. — 23 S.
Наторп П. Избранные работы / Сост. В. А. Куренной. — М., 2006. — 384 с. — («Университетская библиотека Александра Погорельского»).
Наторп П. Кант и Марбургская школа // Новые идеи в философии. Непериодическое издание под ред. Н. О. Лосского и Э. Л. Радлова. Сб. № 5. — СПб., 1913. — С. 93-132; Перепеч.: Наторп П. Избранные работы. — С. 121—144.
Наторп П. Культура народа и культура личности. Шесть лекций П. Наторпа, проф. Марбургского университета. Пер. с нем. М. М. Рубинштейна. — СПб., 1912. — 189 с. Перепеч.: Наторп П. Избранные работы. — С. 147—294.
Наторп П. Логика. Обоснование и логическое построение математики и математического естествознания. (Сжатое пособие к лекциям). Пер. с нем. В. А. Радзиевского с пред. И. И. Лапшина. — СПб., 1909. — 64 с.
Наторп П. Общая педагогика. Пер. Б. А. Фохта. — М., 1910.
Наторп П. Песталоцци. Его жизнь и его идеи. Пер. с нем. М. А. Энгельгардта. — СПб., 1912. — 104 c.; Пг., 1918, 2-е изд. — 104 с.; 1920, 3-е изд. — 168 с.
Наторп П. Принцип относительности // Минковский Г. Пространство и время. Пер. И. В. Яшунского. — СПб., 1911. С. 75-93.
Наторп П. Развитие народа и развитие личности. Перев. с нем. А. Пальчика. СПб., 1912. — 144 с.
Наторп П. Социальная педагогика. Теория воспитания воли на основе общности. Пер. А. А. Громбаха с 3-го доп. нем. изд-я. — СПб., 1911. — XXVI, 360 с.
Наторп П. Социальный идеализм // Диалог. Карнавал. Хронотоп. — 1995. — № 1. — С. 55-126; Перепеч.: Каган М. И. О ходе истории. — М., 2004. -С. 98-149.
Наторп П. Философия и психология // Логос. — СПб. — 1914. Т. 1. Вып. 1. С. 34-56; Перепеч.: Наторп П. Избранные работы. С. 27-54.
Наторп П. Философия как основа педагогики. Пер. с нем., предисл. Г. Г. Шпета. — М., 1910. — 106, [1] с.; Перепеч.: Наторп П. Избранные работы. — С. 297—383.
Наторп П. Философская пропедевтика. (Общее введение в философию и основные начала логики, этики и психологии). Пер. с 3-го нем. изд. под ред. и с предисл. Б. А. Фохта. — М., 1911. — 118, [1] с.; Перепеч.: Наторп П. Избранные работы. — С. 57-118.
Наторп П. Об исходном пункте философии. Пер. с нем., коммент. и послесл. Н. А. Дмитриевой // Кантовский сборник. — Калининград. — 2009. — № 1 (29). С. 110—121.
Белов В. Н. Неокантианство. Ч. 2: Пауль Наторп. — Саратов: Изд-во Саратовского университета, 2002.
Дмитриева Н. А. Русское неокантианство: «Марбург» в России. Историко-философские очерки. — М.: Российская политическая энциклопедия (РОССПЭН), 2007. С. 78-106.
Фохт Б. А. Избранное (из философского наследия). Публик., предисл. и коммент. Н. А. Дмитриевой. — М.: Прогресс-Традиция, 2003.
Неокантианство немецкое и русское: между теорией познания и критикой культуры / Под ред. И. Н. Грифцовой и Н. А. Дмитриевой. — М.: Российская политическая энциклопедия (РОССПЭН), 2010.
DiGiovanni P. Il criticismo platonico. Natorp e la teoria delle idee. — Florence, 1975. — 114 с.
Dufour E. Paul Natorp: de la psychologie générale à la systématique philosophique. — Paris, 2010. — 256 с.
Holzhey H. Cohen und Natorp. — Basel/Stuttgart, 1986. — 955 с.
Klein J. Die Grundlegung der Ethik in der Philosophie Hermann Cohens und Paul Natorps—Eine Kritik des Marburger Neukantianismus. — Göttingen, 1976. — 298 с.