Родился в 1945 году[4]. Получил степень бакалавра истории в Оксидентал-колледже в Калифорнии в 1967 г., затем 3 года служил в армии США сержантом военной полиции. Защитил докторскую диссертацию по индоевропейской тематике в UCLA в 1975 году. Занимал различные должности в Университете королевы с 1977 года, стал профессором доисторической археологии этого же университета в 1998 году.
Исследования Мэллори касаются прежде всего раннего неолита и бронзового века в Европе, проблемы прародины индоевропейцев, а также археологии ранней Ирландии. Он поддерживает интеграционный подход к данным вопросам, сравнивая литературные источники, данные сравнительной лингвистики и археологии. Выступал с жёсткой критикой анатолийской гипотезы о прародине индоевропейцев, сторонником которой был барон Колин Ренфрю.
Mallory, J. P.; R. Blench and M. Spriggs, eds. The Homelands of the Indo-Europeans (неопр.) // Archaeology and Language. — London and New York: Routledge, 1997. — Т. I. — С. 93—121.
Mallory, J. P.; K. Jones-Bley and M. E. Huld, eds. The Indo-European homeland problem: A matter of time (англ.) // Journal of Indo-European Studies Monography : journal. — Washington, D.C., 1993. — Vol. 17. — P. 1—22.
Mallory, J. P.; J. Jasanoff, H. Melchert, L. Oliver, eds. The Old Irish Chariot (неопр.) // Mír Curad: Studies in Honor of Calvert Watkins. — Innsbruck: Innsbrucker Beitrage zur Sprachwissenschaft, 1998. — С. 451—464.