Родилась 7 апреля 1930 года в семье принца Амадея Савойского-Аостского и принцессы Анны Орлеанской. У неё есть младшая родная сестра: принцесса Мария Кристина (1933—2023).
Семья Маргариты объявила о её помолвке с Робертом, эрцгерцогом Австрийским-Эсте 20 октября 1953 года[3]. Они поженились 29 декабря 1953 года в Бурк-ан-Бресе на гражданской церемонии и в тот же день в Бру обвенчались[4][5]. Роберт был вторым сыном бывшего императора Австрии Карла I и Циты Бурбон-Пармской. Роберту было 38 лет, а Маргарите — 23 года. Когда королевская пара прибыла на первую церемонию, сотни австрийцев и итальянцев стояли возле ратуши, где регистрировали брак[4]. На свадьбе присутствовали также бывший король Италии Умберто II и старший брат Роберта, Отто фон Габсбург, претендент на австрийский трон[4]. На Маргарите было атласное платье цвета слоновой кости с длинным шлейфом, прикреплённым к алмазной тиаре[5].
Пара поселилась в Париже, где Роберт работал банковским служащим[5]. У супругов было пятеро детей: три сына и две дочери.
В 1996 году Маргарита овдовела.
Скончалась 10 января 2022 года в Базеле на 92-м году жизни.
Эрцгерцог Герхард Австрийский-Эсте (род. 30 октября 1957), с 2015 года женат на Ирис Jandrasits (род. 1961)
Эрцгерцог Мартин Австрийский-Эсте (род. 21 декабря 1959), женат с 2004 года на принцессе Екатерине Изенбургской (род. 21 октября 1971), дочери Франца-Александра, принца Изенбургского, и сестре Софии, принцессы Прусской (род. 1978). У них три сына и дочь:
Эрцгерцог Бартоломей Австрийский-Эсте (род. 2006)
Эрцгерцог Эммануэль Австрийский-Эсте (род. 2008)
Эрцгерцогиня Хелена Австрийская-Эсте (род. 2009)
Эрцгерцог Луиджи Австрийский-Эсте (род. 2011)
Эрцгерцогиня Изабелла Австрийская-Эсте (род. 2 марта 1963), муж с 1997 года граф Андраш Зарноки-Лукеши (род. 21 апреля 1960). У них есть три сына и дочь:
