Родился 15 октября 1911 года в Бостоне в семье Джона Остина Макдональда, поставщика вин в отели. Отец лишился дохода в результате сухого закона 1920 года и умер в 1922 году. В 1926 году мать Грэйс с детьми переехала в Калифорнию.
В 1928 году окончил среднюю школу Гарфилд в Восточном Лос-Анджелесе.
В 1933 году окончил геологический факультет Калифорнийского университета в Лос-Анджелесе. Дипломная работа: «Происхождение полосчатых гнейсовых диоритов и трахитоидов в Сан-Рафаэль и Вердуго-Хиллз, Лос-Анджелес, Калифорния». В следующем году написал магистерскую диссертацию «отложения Санта-Моника, залив Калифорния», и отправился в Калифорнийский университет в Беркли.
В 1936 году увлёкся вулканами, благодаря семинарам и руководству вулканолога Уильямса (Howel Williams; 1898—1980).
В 1939 году Гарольд Стернс пригласил его изучать грунтовые воды на Гавайях. Одновременно изучал и описывал извержение вулкана Мауна-Лоа в 1940 и 1942 годах. Началась совместная работа с вулканологом Томасом Джаггаром (1871—1953), затем переехал в Гонолулу.
1 апреля 1946 года на Гавайи обрушилось Алеутское цунами, он был в составе учёных изучавших его для Гавайской ассоциации сахарных плантаций.
Макдональд Г. Вулканы. — М.: Мир, 1975. 431 с. (Серия «Науки о Земле»; Том 64.)
Stearns, Harold Thornton. Geology and ground-water resources of the island of Hawaii (англ.). — United States Geological Survey, 1946. — Vol. 9. — P. 245.
G. A. MacDonald. The tsunami of April 1, 1946 (неопр.) // Scripps Inst. Oceanogr. Bull.. — Univ. Calif., 1950. — Т. 5, № 6. — С. 391—528.
MacDonald, G. A.; MacDonald, G. A. Composition and origin of Hawaiian lavas (неопр.) // Geological Society of America Memoirs. — 1968. — Т. 116. — С. 477—522. — doi:10.1130/MEM116-p477.