12 февраля1907 года на выборах депутата II Государственной думы от Сибирского казачьего войска, прошедших в Омске, он был повторно избран депутатом думы, «за» проголосовало 65 выборщиков, «против» — семь. Во второй думе он инициировал создание сибирской парламентской группы, являлся её председателем. В обоих созывах думы входил во фракцию Партии демократических реформ, участвовал в работе постоянной финансовой и временной аграрной комиссиях. 3 июня1907 года согласно избирательному закону Сибирское казачье войско лишили права иметь своего представителя в Государственной думе, поэтому Лаптев перестал являться депутатом[1].
После Февральской революции поддержал Временное правительство и в качестве его комиссара прибыл в Омск в марте 1917 года, однако скоропостижно скончался 24 сентября того же года[1]. Похоронен на Казачьем кладбище (захоронение не сохранилось).
