С июня 1979 года — командир рулевой группы, с декабря 1980 года — командир БЧ-1, с ноября 1981 года — помощник командира, а с декабря 1981 года по октябрь 1985 года — старший помощник командира подводной лодкипроекта 641 «Б-31» 42-й бригады подводных лодок 9-й эскадры подводных лодок Северного флота.
В 1986 году окончил Высшие специальные офицерские классы Военно-Морского Флота (Ленинград). С июля 1986 года по октябрь 1989 года — командир подводной лодки проекта 641 «Б-2» 42-й бригады подводных лодокКольской флотилии разнородных сил Северного флота.
С декабря 1995 года — командир 69-й бригады 40-й дивизии подводных лодок, а с декабря 1999 года — заместитель командира 40-й дивизии подводных лодок Кольской флотилии разнородных сил Северного флота. Участник 10 боевых служб в оперативно важных районах Средиземного моря и Атлантического океана.[источник не указан 659 дней]
С июня 2002 года — начальник организационно-мобилизационного управления штаба Северного флота, а с 9 ноября 2004 года — начальник штаба Кольской флотилии разнородных сил Северного флота[2]. С 19 декабря 2005 года — начальник Управления кадров ВМФ России[3]. С апреля 2010 года вице-адмирал Ю. Ю. Курганов — в запасе.
С апреля 2010 года — старший гидронавт-исследователь Главного управления глубоководных исследований Министерства обороны РФ. Участвовал в глубоководных испытаниях, погружениях и исследованиях на глубоководных аппаратах«Консул» и «Русь», предназначенных для проведения подводно-технических, аварийно-спасательных и научно-исследовательских работ.
В 2011 году на автономном глубоководном обитаемом аппарате «Консул» совершил погружение и провел исследования на глубинах до 6270 метров совместно с Д. В. Боевым и М. В. Кузьмичёвым[4][5].
В 2015 году на автономном глубоководном обитаемом аппарате «Русь», в качестве председателя Государственной комиссии, совершил погружение и провел исследования на глубинах до 6180 метров совместно с Д. В. Боевым и М. В. Кузьмичёвым[6][7].
Указом Президента Российской Федерации от 23 июня 2016 года (закрытым)[источник не указан 659 дней] за мужество и героизм, проявленные при выполнении служебного задания, Ю. Ю. Курганову присвоено звание Героя Российской Федерации с вручением медали «Золотая Звезда».
В 2015—2017 годах участвовал в трёх дальних походах общей продолжительностью девять месяцев (пройдено более 50 000 морских миль).[источник не указан 659 дней]
