Финальный матч состоялся 16 ноября 2008 года на Центральном стадионе города Алма-Ата.
Победителем Кубка стал ФК «Актобе», обыгравший в финале ФК «Алма-Ата».
Поскольку «Актобе» также стал чемпионом страны, «Алма-Ата» и «Мегаспорт» (Алма-Ата) прекратили своё существование, а «Кайсар» (Кызылорда), «Жетысу» (Талдыкорган) и «Шахтёр» (Караганда) не прошли лицензирование УЕФА, право участия в Лиге Европы перешло к «Окжетпесу» из Кокшетау.
Жеребьёвка первых двух раундов прошла 14 марта 2008 года в офисе ФФК.
Участники соревнования были поделены на 3 корзины: в первой были клубы первой лиги, в третьей — первые 8 клубов по итогам прошлогоднего чемпионата страны, во второй — остальные клубы Премьер-лиги.
Матчи 1/16 финала состоялись 9 апреля 2008 года[1].