В начале Великой Отечественной войны был оставлен в тылу врага уполномоченным ЦК КПБ по организации партизанского движения. С апреля 1941 года второй, с июля 1941 года первый секретарь Минского подпольного обкома КПБ и командир Минского партизанского соединения.
Указом Президиума Верховного Совета СССР «О присвоении звания Героя Советского Союза партизанам, особо отличившимся в партизанской борьбе в тылу против немецких захватчиков» от 1 сентября 1942 года за «отвагу и геройство, проявленные в партизанской борьбе в тылу против немецких захватчиков» удостоен звания Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда»[1].
7 ноября 1943 года по просьбе корреспондента из Москвы находившийся в районе Минска В. И. Козлов через 5-ваттную переносную радиостанцию выступил по радиотелефону для «Последних известий» с приветствием для всех тружеников советского тыла (это выступление транслировали все радиостанции СССР)[2].
С июля 1944 года — первый секретарь Минского горкома КПБ.
С 1947 года председатель Верховного Совета БССР. С января 1948 года председатель Президиума Верховного Совета Белорусской ССР и заместитель председателя Президиума Верховного Совета СССР. Член ЦК КПСС с 1966 года. ДепутатВерховного Совета СССР 2-7-го созывов. C 1949 года член Бюро ЦК КП Белоруссии.
15 мая 1961 года подписал Указ Президиума Верховного Совета Белорусской ССР «Об усилении борьбы с лицами, уклоняющимися от общественного полезного труда и ведущими антиобщественный, паразитический образ жизни».
Экспозиция в Белорусском государственном музее истории Великой Отечественной войны[8]. В постоянной экспозиции зала № 7 «Партизанское движение и антифашистская подпольная борьба в Беларуси. Участие советских граждан в европейском движении Сопротивления. 1941–1945 гг.» размещается комплекс экспонатов, посвящённый деятельности Василия Ивановича Козлова в годы Великой Отечественной войны. Среди них фотография, награды, кожаное пальто, подаренное рабочими Казани, оружие, портсигар и другие предметы.
Герои Советского Союза: Краткий биографический словарь / Пред. ред. коллегии И. Н. Шкадов. — М.: Воениздат, 1987. — Т. 1 /Абаев — Любичев/. — 911 с. — 100 000 экз. — ISBN отс., Рег. № в РКП 87-95382.