2 октября — 21 декабря1899 года — министр-президент Цислейтании, одновременно занимал пост министра земледелия. Вступив в должность главы правительства, Клари немедленно оказался в центре политического кризиса, связанного с обсуждением Закона о языках (Sprachenverordnung), в соответствии с которым государственные служащие в землях со смешанным немецко-славянским населением (прежде всего — в Богемии) должны были бы владеть обоими языками. Занял пронемецкую позицию. Таким образом, он смог добиться завершения кампании по блокированию Рейхсрата, которую проводили немецкие националисты, однако восстановить деятельность парламента не смог — протестовать начали чешские депутаты, сторонники закона. Правительство было вынуждено осуществлять государственное управление при помощи чрезвычайных постановлений, именем императора. Принятие нового языкового законодательства было отложено.
После возвращения в Штирию, Клари реорганизовал систему земельного управления, создал региональный чрезвычайный фонд. Успешно реализовывал мероприятия по борьбе с туберкулёзом. Во время Первой мировой войны занимал должность руководителя регионального отделения Красного Креста.
Долгие годы был членом Палаты господ (Heerenhaus) парламента Цислейтании.
После распада Австро-Венгрии ушел с государственных постов, остаток жизни провел в родовых поместьях в Австрии и Чехословакии.
Alfred Ableitinger. Badeni — Thun — Clary-Aldringen — Eulenburg. Das österreichische Regierungssystem in der Krise der Jahre 1897—1899. // Gernot Peter Obersteiner (Hrsg.): Festschrift Gerhard Pferschy zum 70. Geburtstag. Historische Landeskommission für Steiermark. — Graz, 2000. — ISBN 3-901251-15-4.
Elma Flooh-Wagnes. Manfred Graf Clary und Aldringen. Der letzte k. k. Statthalter in Steiermark. Sein Leben und Wirken. — Graz, 1952.