Основано 4 декабря 1852 года, в этот день был первое захоронение — четырехлетней Розауры. В 1855 году на кладбище были похоронены 412 человек. Сейчас на кладбище имеется около 25 тысяч могил, в которых погребено около 65 тысяч человек, большинство из них католики.
Благодаря своему историческому и художественному значению кладбище Святого Иоанна Крестителя считается туристической достопримечательностью Рио-де-Жанейро и частью культурной экспозиции города.
На кладбище похоронены многое знаменитые персоны, оставившие свой вклад в истории Бразилии. Сто пятьдесят памятников имеют QR-коды (2D-штрих-код, которые можно отсканировать с помощью смартфонов), показывающих историю человека, похороненного там.