Основные исследования Андрей Иванович провёл в области органических красителей. Им был осуществлён синтез новых циановых красителей, некоторые из которых так же обладают хорошими фотосенсибилизационными свойствами. Установил и обосновал зависимости между спектром поглощения красителей от их структуры, а также изменения в спектрах поглощения, в зависимости от растворителя.
В 1950 году провёл успешный синтез N,N-диокси-1,5-диоксифеназина — природного антибиотика иодинина.
В 1964 году обосновал явление взаимодействия хромофоров в бисцианиновых красителях, заключающееся в расщеплении максимумов поглощения света молекулами красителей, содержащих два или несколько химически изолированных хромофоров, относительно максимумов поглощения красителей с изолированными хромофорами. Это явление позже было названо «киприановское расщепление».
Наиболее известные на территории СССР научные труды Киприанова:
«Введение в электронную теорию органических соединений», которая выдержала два издания 1965 и 1975 годах.
«Электронная теория в органической химии» — Киев: АН УССР, 1949. — 172 с.
«Цвет и строение цианиновых красителей» — Киев: Наукова Думка, 1979. — 666 с.
Андрей Иванович Киприанов — основатель известной научной школы цианових красителей.
