Впервые упоминается в Саге об оркнейцах под 1046 годом. Его основателем скальды называют оркнейского ярлаРёгнвальда Брусасона. В переводе с норвежского Kirkjuvagr означает «бухта с храмом» (имеется в виду церковь св. Олафа). Городской статус Керкуоллу предоставил Яков III в 1486 году. Город сильно пострадал во время феодальных войн XVII века, тогда же был разобран средневековый замок.
Главная городская достопримечательность — собор Магнуса Оркнейского, заложенный Рёгнвальдом III в 1137 году и выстроенный за несколько десятилетий в романском стиле. Это один из самых северных храмов европейского Средневековья. Собор неоднократно реконструировался. Рядом с ним расположены руины средневекового епископского дворца и резиденции ярлов Оркнейских (XVII век). Исторический музей занимает хорошо сохранившийся особняк XVI века.