Дата и обстоятельства основания монастыря не известны. По мнению одних историков, учреждён иностранными купцами ещё в XIV веке, а по мнению других — возник не ранее княжения Ивана III. Последнее предположение опровергается упоминанием обители в 1412 году: «Преставися архидиакон … Иоаким, и положен в монастыре Ивана Златоустаго вне града Москвы». В 1479 году, по указу Ивана III, началось возведение в обители каменной соборной церкви, на месте прежней деревянной, которую «повеле поставити в своем монастыре у Покрова в Садех».
В 1571 году, во времена правления Ивана Грозного, при нашествии крымского хана Девлет Гирея монастырь был сожжён, а в 1611 году — разорён и осквернён поляками.
С северной стороны монастырь граничил с садами усадьбы Апраксина. Иждивением Апраксиных в 1632 году в монастыре была построена каменная церковь, которая сгорела во время пожара 1660 года. Новая церковь, во имя Всемилостивого Спаса, была возведена на средства Зюзиных в 1661—1663 годах. Описание 1679 года указывает, что кроме соборной каменной церкви в монастыре были ещё, тоже каменные: Покровская церковь, церковь Феодора Стратилата (под колоколами) и тёплая церковь Нерукотворного образа. Кроме того была келья игуменская, четыре новые и три старые братские келии, а также две большие кельи для рабочих. В 1686 году вместо деревянных келий возле кладбища, ещё были построены каменные. Формирование архитектурного ансамбля завершилось постройкой в 1704—1705 годах новых Святых ворот со сторожкой и каменной оградой по проезду к Покровке (ныне — Большой Златоустинский переулок). В это время в монастыре было братии с игуменом 25 человек.
В 1706 году в монастыре была учреждена архимандрия. Вскоре был перестроен собор, — на средства Фёдора Апраксина. В 1706—1711 годах были построены каменный двухэтажный настоятельский корпус, братские кельи, поварня и кузница. В 1711 году на месте разобранной Покровской церкви над захоронением Апраксиных была возведена церковь в честь Благовещения Пресвятой Богородицы. К 1714 году появилась новая колокольня вместо старой, в которой размещалась церковь Феодора Стратилата. К северу от Святых ворот появилось каменное здание для сдачи внаём, а к югу — больничные кельи. В 1733 году над Святыми воротами, иждивением князя Ивана Барятинского, построен Покровский храм. В 1736 году на средства комнатного стольника И. П. Матюшкина возведена церковь Иоанна Воина.
После троицкого пожара «пришел было в опустение», но на щедрые пожертвования был восстановлен. В 1742 году вместо надвратного Покровского храма появилась церковь во имя праведных Захарии и Елисаветы. В 1746 году по проекту Ивана Мичурина началось строительство новой, трёхъярусной, колокольни монастыря. В 1757—1761 годах вместо Спасской церкви была возведена Троицкая.
В 1764 году монастырь, в котором было 20 иноков, стал третьеклассным. Из-за недостатка средств часть огородной земли была отдана в аренду княгине Марии Семёновне Голицыной, владевшей соседним двором по Большому Златоустинскому переулку. В 1771 году было закрыто монастырское кладбище.
При Павле I положение монастыря несколько улучшилось — в его собственности появилась мельница в Дмитровском уезде, огородная земля за Симоновым монастырём, Румянцевская пустошь в Подольском уезде, луговая земля с прудом в сельце Владычном.
В 1809—1810 годах были проведён ремонт церквей. В 1812 году был разграблен войсками Наполеона, но от пожара не пострадал.
В 1834 году в Троицкой церкви был установлен новый иконостас по рисунку Осипа Бове. В 1862 году были надстроены вторым этажом братские кельи, а вдоль Малого Златоустинского переулка был возведён двухэтажный дом, который является единственным сохранившимся ныне зданием ансамбля монастыря. В 1870—1880-х годах территория монастыря была разделена внутренними оградами. В 1871 году вдоль Большого Златоустинского переулка были построены два доходных дома.
Уничтожение
В 1918 году монастырь был закрыт, монахи выселены, а здания приспособлены под коммунальные квартиры. В 1925 году был разобран доходный дом, построенный в 1871 году, и на его месте возведён четырёхэтажный.
К 1933 году все церковные постройки монастыря были снесены. При сносе были утрачены могилы первых русских флотоводцев, среди которых генерал-адмирал Фёдор Апраксин и контр-адмирал Ипат Муханов.
На бывшей территории монастыря в 1930-х годах были построены по проекту Лазаря Чериковера конструктивистские жилые дома (Большой Златоустинский переулок, 3а, стр. 2 и 3/5, стр. 1), среди жильцов которых преобладали сотрудники ОГПУ-НКВД.
Современное состояние
К концу XX века от всего ансамбля монастыря остался только двухэтажный корпус (Малый Златоустинский переулок, 5) 1862 года постройки. В 2006 году здание было передано в бессрочное пользование ближайшего храма бессребреников Космы и Дамиана на Маросейке. По словам священника Сергия Чуракова: «Здесь сосредоточилась миссионерская и образовательная деятельность прихода. Мы понемногу, на общественных началах, занимались и изучением истории монастырского квартала. А пятью годами позднее в траншее при ремонте теплотрассы рабочие обнаружили элементы 16 саркофагов от древних надгробий. При изучении надписей на крышках выяснилось, что в них покоились останки членов семьи сибирского царевича Алексея Кучумовича и младенца (девочки) из рода Стрешневых, возвысившегося после брака Евдокии Стрешневой с царем Алексеем Михайловичем. Это событие помогло осознать: Златоустовский монастырь не остался под толщей невообразимого прошлого; возможно, мы в буквальном смысле топчем его погребенные в культурном слое остатки и в любом случае соприкасаемся с его вполне осязаемым наследием. При колоссальной помощи известного москвоведа Владимира Козлова тогда же, в 2011 году, мы провели первую научную конференцию, собравшую всех ученых и краеведов, которые ещё в 1990-е годы занимались историей квартала»[1].
Теперь на месте Златоустовского монастыря работает православный историко-культурный центр «Открытие»[2], а также «Центр изучения истории и наследия Московского Златоустовского монастыря»[3], благотворительный фонд «Православие и Мир».
Во дворе, на задней меже усадьбы Веневитинова (Кривоколенный переулок, 4, строение 1), разрушается декоративная башенка, оставшаяся от ограды Златоустовского монастыря[4]. По словам священника Сергия Чуракова: «Чудом в глубине двора уцелела полуразрушенная декоративная башенка — единственный цельный элемент монастырской ограды. Пока мы, к сожалению, не можем поставить ее на охрану: ее попросту нет в кадастровом плане, и предстоит еще доказать московским властям, что это не „архитектурное недоразумение“, а подлинный исторический артефакт»[1]. 25 декабря 2017 года центр изучения истории и наследия Московского Златоустовского монастыря подал заявление в департамент культурного наследия Москвы о наделении территории Московского Златоустовского монастыря статусом историко-религиозного достопримечательного места[5]. В январе 2018 года активисты-краеведы и местные жители освободили башню от завалов и расчистили прилегающую к ней территорию[4]. 12 февраля 2019 года в двухэтажном корпусе был открыт музей древней обители[6]. По словам священника Сергия Чуракова: «В основном здесь выставлены сделанные на территории монастырского квартала находки и дореволюционные фотоснимки с видами обители. Разработаны экскурсионные программы для школьников, студентов и взрослых. Наш музей включен в программу ежегодных Дней исторического и культурного наследия Москвы. <…> Так как развитие этого места в церковной перспективе не очень ясно, работа нашего центра на две трети светская»[1].
15 мая 2019 года приказом Департамента культурного наследия города Москвы Златоустовский монастырь стал объектом культурного наследия регионального значения в ранге достопримечательного места[7].
Настоятели
игумены
Иосиф (ок. 1547)
Макарий (упом. 1578 — упом. 1598)
Савватий (упом. 1636 — упом. 1637)
Иона (упом. сентябрь 1645)
Феодосий (упом. 21 декабря 1653 — упом. июль 1654)