Село Зелёный Яр стоит на правом берегу реки Бакарасьевка.
Дорога к селу Зелёный Яр отходит на север от автотрассы «Уссури» между перекрёстком дороги Осиновка — Рудная Пристань и транспортной развязкой у села Михайловка, до которого около 7 км. До трассы «Уссури» около 2 км.
На запад от села Зелёный Яр идёт просёлочная дорога к селу Некруглово.