В 1810 году — сенатор и воевода Варшавского герцогства. В 1815 возглавил депутацию герцогства в Париж для переговоров с императором Александром I, который с тех пор благоволил к нему. Тогда же стал сенатором Царства Польского.
В 1821 Замойский — член Общего Совета Правительственной комиссии вероисповеданий и народного просвещения в Царстве Польском. С января 1822 до июля 1831 года Станислав Костка Замойский занимал пост президента Сейма Царства Польского.
В 1826 году Замойский был назначен председателем Следственной комиссии по расследованию деятельности тайных революционных обществ Царства Польского («Польского патриотического общества»).
Будучи противником восстания в Польше, в 1830 году переехал жить в Санкт-Петербург. С 1831 до 1850 года — член Государственного Совета Российской империи, действительный тайный советник. С февраля 1832 года — присутствующий в особом департаменте, учрежденном в Государственном Совете для Царства Польского.
Вскоре он уехал за границу, жил в Вене, в 1836 году временно вернулся в Варшаву, где с ним случился апоплексический удар. Лечился на разных курортах Европы. Несмотря на неоднократные отсрочки отпусков и напоминания, Замойскии так и не вернулся к службе, ссылаясь на расстроенное здоровье. В апреле 1850 года по болезни он вышел в отставку. Умер в Вене в 1854 году.
20 мая1798 году в Пулавах женился на княжне Софье Адамовне Чарторыйской (15.09.1778—27.02.1837), дочери князя Адама Казимира Чарторыйского (1734—1823) от брака с Изабеллой Флемминг (1746—1835); младшей сестре известного князя Адама. Графиня Софья Замойская, по словам графа А. И. Рибопьера, была «несравненна» по своей красоте, высокая, темноволосая, с кожей ослепительной белизны, она соединяла в себе все типы польской красоты. На празднествах во время Венского конгресса производила фурор и удивляла всех
своею игрой и пением на придворных спектаклях. 22 августа 1826 года была пожалована в статс-дамы. Умерла во Флоренции в 1837 году. В браке родились:
Константин (09.04.1799—09.01.1866), женат с 1827 года на княжне Аниеле Сапеге (1801—1855).
Анджей Артур (02.04.1800—29.10.1874), женат с 1824 года на графине Розе Потоцкой (1802—1862).
Ян (16.02.1802—05.12.1879), женат с 1843 года на графине Анне Мысельской (1818—1859).
Владислав (24.03.1803—11.01.1868), женат с 1852 года на графине Ядвиге Дзялынской (1831—1922).
Целестина Гризельда (1805—19.07.1883), муж с 1825 года граф Адам Тит Дзялынский (1796—1861).