Верховье в Андах очень очень порожисто, в среднем и нижнем течении на Амазонской низменности Жапура становится широка и спокойна; в нижнем течении образует многочисленные рукава, протоки и старицы, за 600 км от устья соединяющиеся с Амазонкой на высоте 41 м над уровнем моря. Питание дождевое. С марта по июль происходит паводок, благодаря чему река широко разливается, образуя озёра[2][1][5].
Среднегодовой расход воды около 18 000 м³/с. Судоходна в основном в пределах Бразилии, в Колумбии — на отдельных участках[1].