Золотой век Джайсалмера выпал на XII век, когда раджпутскиймахараджаРавал Джайсал[англ.] основал на самом высоком месте в округе крепость, ставшую резиденцией его преемников. Благополучие Джайсалмера подошло к концу в начале XIV века, когда его разорил делийский султан. Впоследствии (до 1818 г.) им управляли принцы дома Великих Моголов.
Невзирая на живописность застройки из жёлто-коричневого песчаника, Джайсалмер в силу своей удалённости от центров цивилизации редко посещаем туристами. До сих пор твердыня махараджи остаётся домом для четверти горожан. Помимо дворца, внутри крепостных стен стоят старинные джайнские храмы и хранилище санскритских и пракритских рукописей.
Знаменитый индийский режиссёр Сатьяджит Рей был настолько заворожён красотой Джайсалмера, что поместил в нём действие своего детективного романа, экранизированного в 1974 году под названием «Золотая крепость».
Джайсалмер назван в честь Махаравала Джайсала Сингха, короля Раджпута в 1156 году. «Джайсалмер» означает «Горная крепость Джайсала». Джайсалмер иногда называют «Золотым Городом», из-за жёлтых песков и жёлтого песчаника, который использовался в архитектуре города.