В 1771 году в Москве прошла эпидемия чумы, в разгар которой умирало до 800 человек в сутки[4]. По указу Сената в городе хоронить погибших запрещалось и для них за границами Москвы были основаны отдельные кладбища. Одно из них появилось около Даниловской слободы, от которой и получило своё название, — этот участок являлся Центральным[5][6][3]. Рядом с ним на склонеАндреевского оврага выделили территорию под Мусульманское кладбище для погребения иноверцев. Оно также было предназначено для захоронения умерших от чумы[7].
Даниловское кладбище можно смело назвать купеческим, да другим оно и быть не могло, близко примыкая к купеческому Замоскворечью. Пожалуй, ни на каком больше московском кладбище нет такого обилия купеческих памятников, как на этом. Типичные для середины прошлого века надгробия в форме цилиндрических колонн, конусов, обращённых вниз остриями, колонн, перебитых кубом, попадаются здесь во множестве. Кладбище не распланировано правильными дорожками, отчасти этому мешало расположение его на изрезанной оврагами площади, а отчасти и простая традиция, по которой вообще все наши прежние кладбища не распланировывались, если же что и делалось в этом отношении, то только в последнее время[8].Московский писатель-краеведАлексей Саладин, 1916 год
В 1901 году на территории кладбища была построена и освящена церковь Николая Чудотворца, а через год возведена Никольская часовня. В 1906-м с южной стороны церкви была сделана пристройка по проекту архитектора Николая Струкова. Благодаря этому алтарь правого придела был перенесён на одну линию с главным. При этом сохранились старый иконостас и стенопись 1832 года[6][9][10][5].
С установлением советской власти многие церкви закрылись как пережиток прошлого. Храм на кладбище продолжал работу, но был захвачен обновленцами и с 1937 по 1946 год являлся одной из семи обновленческих церквей Москвы, после чего был возвращён в Патриархию[11][12].
На Центральном кладбище часто посещаемой являлась могила причисленной к лику святыхМатроны Дмитриевны Никоновой. Паломники ежедневно приходили, чтобы попросить у неё заступничества или взять на память с могилы горсть песка: считалось, что он обладал чудодейственными свойствами. В 1998 году мощи были перенесены в Покровский монастырь, но паломники продолжают посещать место её прежнего погребения. Всего на кладбище семнадцать могил, почитаемых православнымиверующими. Наиболее популярны среди них погребения афонскогоиеромонаха Аристоклия и старца иеромонаха Исайи[17][6].
На 2018 год купеческие могилы практически не сохранились[8].
Паламарчук П. Г. Сорок сороков. Москва в границах 1917 года. — М.: АО «Книга и бизнес», АО «Кром», 1995. — Т. 3. — 586 с. — 25 000 экз. — ISBN ISBN 5-7119-0043-9.