12 мая 2021 года Генеральный секретарь Организации Объединённых Наций Антониу Гутерриш объявил, что назначил Гриффитса заместителем Генерального секретаря по гуманитарным вопросам и координатором чрезвычайной помощи в Управлении по координации гуманитарных вопросов, тот сменил на этом посту Марка Лоукока[англ.][9].
15 февраля 2024 года Гриффитс заявил в интервью Sky News: «ХАМАС для нас — не террористическая группировка, как вы знаете, это политическое движение»[11], что вызвало резкую критику со стороны Израиля[12].
25 марта 2024 года Мартин Гриффитс объявил, что покидает свой пост в Управлении ООН по гуманитарным вопросам по состоянию здоровья.[13].