Начинал играть в футбол в ДЮСШ г. Волжского, затем в Волгоградском футбольном интернате. Выступал за клубы «Торпедо» Волжский, «Энергия» Камышин, «Лада» Тольятти, «Томь» Томск. Начинал играть на позиции левого полузащитника, во время выступлений за «Ладу» был переведён в защиту. С 2005 года играл за клуб «Москва», по окончании сезона 2008 года клуб не стал продлевать контракт. 19 января 2009 года стало известно, что Годунок подписал контракт с выступающей в Первом дивизионе владикавказской «Аланией».[2] По окончании сезона покинул клуб. В конце марта 2010 года подписал контракт с тольяттинской «Академией»[3].