В 1703 году Пётр I пожаловал Крупецкую волость (к ней относилась и Глинская пустынь) гетману Мазепе, который в том же году передал волость в ведение Киевской епархии; не будучи формально отделённой от Молченского Печерского Путивльского монастыря, Глинская пустынь на деле вновь обрела самостоятельность. В 1708 году после измены гетмана Мазепы Крупецкая волость была пожалована Петром I Александру Меншикову, который стал щедрым благотворителем Глинской пустыни. В 1715 году по просьбе иноков обители и с разрешения Меншикова пустынь снова перешла в ведение Киевской епархии.
После опалы Меншикова (1727) Глинская пустынь снова официально передана в ведение Молченского Печерского Путивльского монастыря (указ царицы Анны Иоанновны от 1731 года). Окончательное отделение от Путивльского монастыря последовало в 1764 году, когда Глинская пустынь была объявлена самостоятельным заштатным монастырём.
XIX век — период расцвета Глинской пустыни, которая славится своими старцами.
Монастырь закрыт и осквернён в 1922 году. Чудотворная Глинская икона вывезена в село Шалыгино, после чего бесследно исчезла (ныне известны лишь списки). На территории бывшего монастыря находились поочерёдно детский городок, сельскохозяйственная артель, колхоз, промкомбинат.
Во время Великой Отечественной войны пустынь, находившаяся на оккупированной территории, была вновь открыта немецкими властями в 1942 году.
Коммунистическая власть вновь закрыла монастырь, 12 июля 1961 года монахи были выселены из монастыря, здания и всё имущество бывшей обители переданы Сосновскому дому инвалидов.
В августе 1994 года Глинская пустынь была вновь открыта.
Монастырь сегодня
Монастырь поднимается из руин: перестроен надвратный храм, расширена построенная после открытия монастыря Никольская церковь, строятся новые здания. Монахи живут по чиноположению Афонской горы (как это и было до закрытия обители). Ранний подъём, длинные богослужения и послушания. На территории монастыря также работают заводы — молочный, свечной — и работает иконописная мастерская.
8 мая 2008 года Священный синод Украинской православной церкви принял решение о канонизации 13-ти подвижников Глинской пустыни. 25 марта 2009 года Священный синод УПЦ благословил включить в Собор Глинских святых ещё три имени[2][3]. 30 ноября 2017 года Архиерейский соборРусской православной церкви благословил общецерковное почитание Собора Глинских святых и включил их имена в месяцеслов Русской православной церкви[4].
Ближний скит в честь Богоотец Иоакима и Анны (1997—1998)
Надвратный храм во имя иконы Иверской Божьей Матери
Чесноков А., Чесноков З. Подвиг святой жизни: Святые старцы Глинской пустыни. XX век. — М.: Изд-во Сретенского монастыря, 2013. — 288 с. — ISBN 978-5-7533-0754-5.
_.jpg)
.svg){kind=small}
